Thank you so much for all the helpful response.<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 6, 2009 at 4:59 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">Yanmei Song wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
  Dear All:<br>
<br>
I just installed the gmx_4.0.4 double precision.<br>
<br>
When I do EM, the grompp_d command has no problem. However after I submit the job, it gives me the following error. Anyone can tell me what is the problem which may cause that? <br>
</blockquote>
<br></div>
You&#39;re using a new .tpr with an old mdrun.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
By the way, in 4.0.4, it can only use 4 CPU, right? <br>
</blockquote>
<br></div>
No.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Can we still specify how much CPU we want to use by -np?<br>
</blockquote>
<br></div>
As an argument to mdrun yes, as an argument to grompp, no.<br><font color="#888888">
<br>
Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Yanmei Song<br>Department of Chemical Engineering<br>ASU<br>