<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>No, only for small values is should be off, maybe tau_t &lt; 10 or 100 * delta_t.<br><br>How did you set up your harmonic oscillator?<br><br>Berk<br><br>&gt; From: servaas.michielssens@student.kuleuven.be<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Date: Thu, 7 May 2009 12:54:54 +0200<br>&gt; Subject: [gmx-users] Re:  v-rescale - harmonic oscillator<br>&gt; <br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; Thank you for your reply.<br>&gt; <br>&gt; Yes by effective energy I mean the Gromacs conserved energy term.<br>&gt; <br>&gt; So you would say the cause of my problem here is that I need a small<br>&gt; tau_t to thermostat this system but for small tau_t values the algorithm<br>&gt; is not 100% ok yet? And what are very small tau_t values? I tested with<br>&gt; quite a big range here.<br>&gt; <br>&gt; The problem occurred to me when I was experimenting with a hybrid monte<br>&gt; carlo algorithm. I first tested it on a noble gas and compared to MD<br>&gt; simulation with nose-hoover and v-rescale. Those results were 100%<br>&gt; identical. Then I tried it on a dipeptide in vacuum, results were a<br>&gt; little off here (I would expect this for nose-hoover thermostat, but not<br>&gt; for v-rescale). So I decided to go the the extreme simple case of a<br>&gt; harmonic oscillator. Those results were seriously off, and then I<br>&gt; checked the conserved energy term, which seems impossible to keep it<br>&gt; conserved for this system. (of course there can also be an error in my<br>&gt; hybrid monte carlo code, but the fact that the conserved energy is not<br>&gt; conserved is disturbing me here)<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Servaas<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; What do you mean with effective energy?<br>&gt; The Gromacs conserved energy term?<br>&gt; <br>&gt; For very small tau_t the current implementation does not work well.<br>&gt; Bussi mailed me a proper implementation that I will put in when I have time.<br>&gt; <br>&gt; Berk<br>&gt; <br>&gt; &gt; From: servaas.michielssens at student.kuleuven.be<br>&gt; &gt; To: gmx-users at gromacs.org<br>&gt; &gt; Date: Thu, 7 May 2009 09:02:52 +0200<br>&gt; &gt; Subject: [gmx-users] v-rescale - harmonic oscillator<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Hi,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I did some experiments with a harmonic oscillator (diatomic molecule<br>&gt; &gt; without charge en LJ parameters) using the v-rescale thermostat. First I<br>&gt; &gt; ran a simulation in the NVE ensemble with a time-step of 0.0001ps, total<br>&gt; &gt; energy was constant here. <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Then I tried simulating the system with the v-rescale thermostat, same<br>&gt; &gt; time-step of 0.0001ps and tau_t=100,10,1,0.1,0.01,0.001. For none of<br>&gt; &gt; those simulations the effective energy was conserved. <br>&gt; &gt; (effective energy should be a conserved quantity for NVT simulations<br>&gt; &gt; with v-rescale thermostat, JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS    Volume: 126<br>&gt; &gt; Issue: 1  Article Number: 014101    Published: JAN 7 2007 )<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; So what is going wrong here? Would one expect this thermostat to fail<br>&gt; &gt; for such system (e.g. a simple Nose-Hoover is known to fail for the<br>&gt; &gt; harmonic oscillator)? <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Thanks in advance,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Servaas<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>