<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi ALL,<br><br>I have a protein pdb file generated using MODELLER. When I use the pdb2gmx command on it, it throws the error:<br><br>Atom -C not found in residue MET1 while adding hydrogens<br>and<br>Atom OXT in residue LEU 404<br><br>The initial and end of the pdb file is like this:<br>---------------------------------------------------------------------------------<br>CRYST1&nbsp; 116.083&nbsp; 116.083&nbsp; 116.083&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00&nbsp; 90.00 P 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; N&nbsp;&nbsp; MET X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67.960&nbsp; 51.279&nbsp; 76.751&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; CA&nbsp; MET X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67.510&nbsp;
 49.899&nbsp; 76.451&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; CB&nbsp; MET X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 65.990&nbsp; 49.769&nbsp; 76.661&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; CG&nbsp; MET X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 65.570&nbsp; 49.959&nbsp; 78.111&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; SD&nbsp; MET X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63.780&nbsp; 49.819&nbsp; 78.401&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; CE&nbsp; MET X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 63.370&nbsp; 51.379&nbsp; 77.561&nbsp; 1.00&nbsp;
 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; C&nbsp;&nbsp; MET X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67.840&nbsp; 49.539&nbsp; 75.041&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; O&nbsp;&nbsp; MET X&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 68.870&nbsp; 49.949&nbsp; 74.511&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; N&nbsp;&nbsp; ALA X&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66.970&nbsp; 48.749&nbsp; 74.401&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; CA&nbsp; ALA X&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67.240&nbsp; 48.349&nbsp; 73.051&nbsp; 1.00&nbsp;
 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; CB&nbsp; ALA X&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 66.160&nbsp; 47.429&nbsp; 72.461&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ALA X&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 67.290&nbsp; 49.579&nbsp; 72.221&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp; <br>.<br>.<br>.<br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3069&nbsp; OD2 ASP X 403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43.890&nbsp; 88.349&nbsp; 36.411&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3070&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ASP X 403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42.590&nbsp; 84.299&nbsp; 34.251&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3071&nbsp; O&nbsp;&nbsp; ASP X 403&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 41.820&nbsp; 84.059&nbsp; 33.321&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3072&nbsp; N&nbsp;&nbsp; LEU X 404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42.790&nbsp; 83.449&nbsp; 35.281&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3073&nbsp; CA&nbsp; LEU X 404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42.100&nbsp; 82.199&nbsp; 35.401&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3074&nbsp; CB&nbsp; LEU X 404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42.250&nbsp; 81.559&nbsp; 36.791&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3075&nbsp; CG&nbsp; LEU X 404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43.710&nbsp; 81.209&nbsp; 37.151&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3076&nbsp;
 CD1 LEU X 404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44.580&nbsp; 82.469&nbsp; 37.241&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3077&nbsp; CD2 LEU X 404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 43.770&nbsp; 80.349&nbsp; 38.431&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3078&nbsp; C&nbsp;&nbsp; LEU X 404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.610&nbsp; 82.469&nbsp; 35.201&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3079&nbsp; O&nbsp;&nbsp; LEU X 404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.010&nbsp; 81.799&nbsp; 34.311&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>ATOM&nbsp;&nbsp; 3080&nbsp; OXT LEU X 404&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40.050&nbsp; 83.329&nbsp; 35.931&nbsp; 1.00&nbsp;
 0.00<br>END<br>--------------------------------------------------------------------------------------<br><br>How can I remove these errors? Do I need to modify the pdb file anyway?<br>Any suggestion is welcome.<br><br>Regards,<br><br><div><font color="#0000bf" size="4"></font>&nbsp;</div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Anirban Ghosh</strong></div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Grade Based Engineer<br>Bioinformatics Team<br>Centre for Development of Advanced Computing (C-DAC)<br>Pune, India<br></strong></div></td></tr></table><br>


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