<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<br><br>&gt; Date: Fri, 8 May 2009 19:38:41 +1000<br>&gt; From: Mark.Abraham@anu.edu.au<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] (no subject)<br>&gt; <br>&gt; Antonia V. wrote:<br>&gt; &gt; Dear all,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I am trying to simulate a water-liquid crystal system. My initial is box <br>&gt; &gt; is creating by merging two well equilibrated boxes of water and LC. <br>&gt; &gt; After a steep simulation of about 1,000,000 steps I try to do an md <br>&gt; &gt; simulation but I get the error<br>&gt; &gt; "Water molecule starting at atom 9103 can not be settled.<br>&gt; &gt; Check for bad contacts and/or reduce the timestep"<br>&gt; &gt; In order to get the simulation running I have to use a tiny timestep <br>&gt; &gt; (0.00001).<br>&gt; <br>&gt; Have a look at the region around atom 9103 in case you can deduce a <br>&gt; physical reason for large forces that would make applying constraints <br>&gt; difficult.<br>&gt; <br>&gt; Otherwise, consider alternative approaches to generating your initial <br>&gt; structure. It's not clear to me that whatever you mean by "merging" is <br>&gt; reasonable.<br>&gt; <br>&gt; Mark<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />See all the ways you can stay connected <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>to friends and family</a></body>
</html>