<br>Hi,<br><br>I think this was answered earlier but I didn&#39;t quite understand the answer given.<br><br><pre><font size="4">Hi Hitesh,<br><br>The posre.itp file only contains a header [ position_restraints ]<br>followed by a list of atom numbers and restraint force constants.<br>

Check chapter 5 of the manual for how and what. For a ligand it&#39;s<br>probably best to directly add the [ position_restraints  ] section in<br>the file with the [ molecule_type ] definition, possibly enclosed by<br>the statements #ifdef POSRES and #endif. Mind that the aom numbers<br>

need to refer to the atom numbers within the molecule_type definition<br>and are not related to the atom numbers in the coordinate file.<br><br>Cheers,<br><br>Tsjerk<br><br>On Wed, Apr 15, 2009 at 9:05 AM, Hitesh singla<br>

&lt;<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">hiteshsingla123 at gmail.com</a>&gt; wrote:<br>&gt;<i> Dear all,<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> I have generated .itp file for ligand using PRODRG server which i included<br>

</i>&gt;<i> in topology file. Now for position restrained dynamics, i wanted to restrain<br></i>&gt;<i> atom positions for ligand and protein . But porse.itp which generated using<br></i>&gt;<i> pdb2gmx contain restraints for protein only. Kindly provide me the solution<br>

</i>&gt;<i> to restrain ligand atoms.<br></i>&gt;<i><br></i>&gt;<i> Thanks,<br></i>&gt;<i> Hitesh Singla<br></i></font></pre><br>I am trying to do what Hitesh tried to do..get a pos restraint on both my protein and ligand....I found that -DPOSRES only takes into account 1 posre.itp file...so I appended the atom numbers of my ligand (2519-2531) to the end of the posre file for my protein (1-2518). Then I tried running grompp on this and it gave me the error<br>
<br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp, VERSION 3.3.3<br>Source code file: ../../../src/kernel/toppush.c, line: 1193<br><br>Fatal error:<br>[ file &quot;posre.itp&quot;, line 2015 ]:<br>
Atom index (2519) in position_restraints out of bounds (1-2518).<br>This probably means that you have inserted topology section &quot;position_restraints&quot;<br>in a part belonging to a different molecule than you intended to.<br>
In that case move the &quot;position_restraints&quot; section to the right molecule.<br>-------------------------------------------------------<br><br>Also, fyi, earlier for energy minimization, I had included the ff for
the itp file in [forcefield] section and included HSL (my ligand) in
the [molecule] section after putting the coords for the HSL into my
protein pdb file. See parts of the top file below:<br><br>;       File &#39;BR6.top&#39; was generated<br>;       By user: onbekend (0)<br>;       On host: onbekend<br>;       At date: Wed Apr 29 11:35:48 2009<br>;<br>;       This is your topology file<br>
;       &quot;I&#39;ll Match Your DNA&quot; (Red Hot Chili Peppers)<br>;<br>; Include forcefield parameters<br>#include &quot;ffgmx.itp&quot;<br>#include &quot;C4AHLdbMarc.itp&quot;<br><br>[ moleculetype ]<br>; Name            nrexcl<br>
Protein_A           3<br><br>[ atoms ]<br>;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB<br>     1         NL      1    MET      N      1      0.129    14.0067   ; qtot 0.129<br>
     2          H      1    MET     H1      1      0.248      1.008   ; qtot 0.377<br>     3          H      1    MET     H2      1      0.248      1.008   ; qtot 0.625<br>     4          H      1    MET     H3      1      0.248      1.008   ; qtot 0.873<br>
     5        CH1      1    MET     CA      1      0.127     13.019   ; qtot 1<br>     6        CH2      1    MET     CB      2          0     14.027   ; qtot 1<br>     7        CH2      1    MET     CG      3          0     14.027   ; qtot 1<br>
     8          S     <br><br>;etc....end of file below<br><br>2509  2507  2514  2510     2<br>2509  2512  2511  2510     2<br>2509  2516  2515  2514     2<br><br>; Include Position restraint file<br>#ifdef POSRES<br>#include &quot;posre.itp&quot;<br>
#endif<br><br>; Include water topology<br>#include &quot;spc.itp&quot;<br><br>#ifdef POSRES_WATER<br>; Position restraint for each water oxygen<br>[ position_restraints ]<br>;  i funct       fcx        fcy        fcz<br>   1    1       1000       1000       1000<br>
#endif<br><br>; Include generic topology for ions<br>#include &quot;ions.itp&quot;<br><br>[ system ]<br>; Name<br>Protein in water<br><br>[ molecules ]<br>; Compound        #mols<br>Protein_A           1<br>HSL                 1<br>
SOL                 1<br>SOL             12480<br>Na                 11<br><br><br>So, is it not possible in GROMACS to restrain multiple molecules together? If it is, how do you do this?<br><br>Thanks in advance,<br>Halie Shah<br>
U of H Briggs Lab<br>