
<html>

<head>

<style>

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Verdana

}

</style>

</head>

<body class='hmmessage'>

Hi,<br><br>Please do not send the same question to multiple mailing lists,<br>(multiple) people might answer the same questions multiple times then.<br>Here is my answer on gmx-developers:<br><br><pre>You will have to use mdrun -rerun<br>with different tpr files where you on switch off all the interactions<br>between all energy groups except between the peptide and the group<br>you want using the mdp options:<br>energygrps<br>energygrp_excl<br><br>Note that these forces will probably be extremely noisy<br>and difficult to make sense of.<br><br>Berk<br></pre><br><br><hr id="stopSpelling">Date: Mon, 11 May 2009 14:42:58 +0100<br>From: chzelingwee@gmail.com<br>To: gmx-users@gromacs.org; gmx-developers@gromacs.org<br>CC: <br>Subject: [gmx-users] Force groups?<br><br>Hi - I wonder if it is possible in Gromacs3/4 to write out the forces acting on a peptide due to its interaction with different components in the system e.g. waters, lipids, etc? If not, could someone comment on how difficult to would be to modify the source code to do this?<div>

<br></div><div>Many thanks</div><div>Chze Ling Wee</div><div><br></div><div><br></div><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>

</html>