hi,<br><br>Defining a specific box size with -d option in editconf will help to overcome this problem...<br><br>Regards,<br>Pawan <br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 12, 2009 at 8:05 AM, Zhong Zheng <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:zhozheng@gmail.com">zhozheng@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">hi all<br>
<br>
I am running Gromacs on a protein consisted of three chains. But no matter how I tried, the protein always falls into three parts (corresponding to each chain) after a simple 2000 steps energy minimization. Can anyone help me please? Thanks.<br>
<font color="#888888">
<br>
Zhong Zheng<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use thewww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</font></blockquote></div><br>