<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hello Justin,<br><br>Thanks a lot for the reply. Your tutorial is indeed very good.<br>I followed your
tutorial on protein-lipid simulation. I added the non-bonded parameters
from the lipid.itp file to the ffG53a6nb_lipid.itp file. You have told
to either delete the atom-type HW entries having zero values in the
non-bonded section or replace them with H. But the HW values are not
zero. And they are also present in the "pairlist" section. So should I
change in this section also? And when I am running the grompp command I
am getting the error "Atom-type OW not found". So should I also delete
the OW entries or should I replace them? If replace, then with what?
Should I replace all the OW and HW entries throughout the
ffG53a6nb_lipid.itp file? Please advice.<br><br>Regards,<br><br><div><font color="#0000bf" size="4"></font>&nbsp;</div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Anirban Ghosh</strong></div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Grade Based Engineer<br>Bioinformatics Team<br>Centre for Development of Advanced Computing (C-DAC)<br>Pune, India<br></strong></div></td></tr></table><br>


      <!--1--><hr size=1></hr> Cricket on your mind? Visit the ultimate cricket website. <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_cricket_1/*http://beta.cricket.yahoo.com"> Enter now!</a>