Dear all ,<br>                I am doing simulation of DNA-protein complex.<br>              Is anybody have idea about  .hdb of DNA  becoz in mannual nothing is wrritten about DNA hydrogen database .I have edited The database like this-<br>
ADE     9<br>2       6  H5*  C5*     C4*     O5*<br>1       5  H4*  C4*     O4*     C5*     C3*<br>1       5  H3*  C3*     C2*     C4*     O3*<br>1       5  H2*  C2*     C3*     C1*     O2`<br>1       2  H2`  O2`     C2*     C3*<br>
1       5  H1*  C1*     N9      O4*     C2*<br>1       1  H2   C2      N1      N3<br>2       3  H6   N6      C6      C5<br>1       1  H8   C8      N9      N7<br><br>But when I run pdb2gmx command on DNA-protein pdb file the error comes like this-<br>
Program pdb2gmx, VERSION 4.0.3<br>Source code file: h_db.c, line: 96<br><br>Fatal error:<br>Error in hdb file ffoplsaano.hdb:<br>Wrong number of control atoms (3 iso 4) on line:<br>1       5  H4*     C4*     O4*     C5*    <br>
 <br>If anybody have Idea what short of changes it needed please help me.<br>Thanks a lot in advance.<br><br>Nitu sharma<br><br>