<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">

<html>

<head>

</head>

<body bgcolor="#ffffff" text="#000000">

Dear GMX-users.<br>

<br>

I'm trying to do free energy calculations for calculations of

partitions coefficients.<br>

<br>

My normal defaults section of TraPPE topologies are:<br>

<br>

<b>; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ fudgeQQ<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>

</b><br>

because TraPPE don't use 1-4 LJ interaction, and I have read that

FudgeQQ always apply even though gen-pairs=no.<br>

<br>

Now I want to do my calculations with OPLS-AA for the solute molecule,

and TraPPE-UA for the solvent, so my default section must now be:<br>

<br>

<b>; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ fudgeQQ<br>

&nbsp; &nbsp; &nbsp; 1&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>

</b><br>

, but the problem arises when I have for instance Ethanol in my

solvent, then gen-pair will calculate LJ 1-4 interactions for the

Ethanol as well.<br>

<br>

But if I in the .top for the ethanol pair write:<br>

<br>

<b>[ pairs ]<br>

; ai aj funct c6 c12<br>

&nbsp; 1 &nbsp; 4 &nbsp; 1 0.000000e+00&nbsp; 0.000000e+00;<br>

</b><br>

then will the 1-4 LJ be 0, but the 1-4 Coulomb will still be calculated

- right??<br>

<br>

Also, can I check all the interaction parameters calculated and

inserted by grompp?<br>

<br>

Best regards.<br>

Rasmus Lundsgaard<br>

</body>

</html>