<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi ALL,<br><br>I am simulating a GPCR protein in a POPC bilayer.<br>I have followed Justins' tutorial to set up the system, but have used POPC instead of DPPC. I have used the same parameters given in that tutorial. Till equilibration everything went well. But after releasing the protein in the production MD, the lipids are forming usual cross bonds (seen in the form of long straight lines). How can I avoid this? Any suggestion is welcome.<br><br>Parameters used for MD:<br>--------------------------------------------------------------------------------------------------<br>title&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = GPCR in POPC Production MD <br>; Run parameters<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; leap-frog integrator<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500000&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 * 500000 = 1000 ps (1
 ns)<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 fs<br>; Output control<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save coordinates every 2 ps<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save velocities every 2 ps<br>nstxtcout&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; xtc compressed trajectory output every 2 ps<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save energies every 2 ps<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1000&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; update log file every 2 ps<br>; Bond parameters<br>continuation&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Restarting after NPT <br>constraint_algorithm = lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; holonomic constraints <br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
 all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained<br>lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; accuracy of LINCS<br>lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; also related to accuracy<br>; Neighborsearching<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; search neighboring grid cels<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 10 fs<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>; Electrostatics<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = PME&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ;
 Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics<br>pme_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; cubic interpolation<br>fourierspacing&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.16&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; grid spacing for FFT<br>; Temperature coupling is on<br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Nose-Hoover&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; More accurate thermostat<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein POPC&nbsp;&nbsp;&nbsp; SOL_CL-&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; three coupling groups - more accurate<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 323 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 323&nbsp;&nbsp;&nbsp; 323&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; reference temperature, one for each group, in K<br>; Pressure coupling is on<br>pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 ; Pressure coupling on in NPT<br>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = semiisotropic&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; uniform scaling of x-y box vectors, independent z<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 2.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; reference pressure, x-y, z (in bar)<br>compressibility = 4.5e-5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.5e-5&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; isothermal compressibility, bar^-1<br>; Periodic boundary conditions<br>pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 3-D PBC<br>; Dispersion correction<br>DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; account for cut-off vdW scheme<br>; Velocity generation<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = no&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Velocity generation is off
 <br>---------------------------------------------------------------------------------------------------<br><br>Regards,<br><br><div><font color="#0000bf" size="4"></font>&nbsp;</div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Anirban Ghosh</strong></div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Grade Based Engineer<br>Bioinformatics Team<br>Centre for Development of Advanced Computing (C-DAC)<br>Pune, India<br></strong></div></td></tr></table><br>
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