Dear Sir,<br>
            
I want to calculate local pressure of the membrane (pressure variation
with z -axis). I am using gromacs-localp packages. As I see that all
types of errors coming from saying specifically the option of WALL in
.mdp file.<br>
Actually I did not understand clearly what to do in the following options.<br>
WALLS<br>

; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald<br>

nwall                    = 2<br>

wall_type                = 9-3<br>

wall_r_linpot            = -1<br>

wall_atomtype            =<br>

wall_density             =<br>

wall_ewald_zfac          = 3<br>
<br>
Could you please write clearly what to write on above options ??<br>
<br>
I am writing here the mdp file what I am using in gromacs-localp package to calculate local pressure.<br>

integrator          
= 
sd             
; stochastic dynamics -&gt; Langevin!<br>

ld_seed             
= 
-1             
; random seed for sd<br>

dt                  
= 
0.002           ; ps !<br>

nsteps              
= 
50000           ;
total 500/5=100 ps<br>

nstcomm             
= 
1              
; freq. for cm-motion removal<br>

tinit               
= 
0              
; starting time (ps)<br>

<br>

constraints         
=  all-bonds       ; constraint for
all bond lengths<br>

constraint_algorithm =  lincs           ; default<br>

lincs_order         
= 
4              
; default<br>

<br>

nstxout             
= 
1000           
; T(x_out) 10 ps<br>

nstvout             
= 
1000           
; T(v_out) 10 ps<br>

nstfout             
= 
0              
; T(f_out)<br>

nstlog              
= 
250            
; energies to log (0.5 ps)<br>

nstenergy           
= 
250            
; energies to energy file<br>

<br>

ns_type             
= 
grid           
; nl type<br>

nstlist             
= 
10             
; Freq. to update neighbour list<br>

rlist               
= 
1.0            
; nm (cutoff for short-range nl)<br>

 <br>

; Periodic boundary conditions: xyz (default), no (vacuum)<br>

; or full (infinite systems only)<br>
pbc                     
= xy<br>

<br>

coulombtype         
= 
PME            
;Reaction-Field  ; Coulomb interactions<br>

rcoulomb            
= 
1.0            
;2.0            
; nm (Coulomb cut-off!!)<br>

epsilon_r           
= 
80.0           
; dielectric constant for reaction field<br>

vdwtype             
=  Cut-off         ; Wan
der Waals interactions<br>

rvdw                
= 
1.0            
; nm (LJ cut-off)<br>

optimize_fft         =  yes<br>

<br>

; Temperature coupling<br>

Tcoupl              
= 
no             
; no effect when integrator = sd<br>

tc-grps             
=  POPC   SM   CHOL   SOL<br>

tau_t               
=  0.1   0.1   0.1   0.1<br>

ref_t               
=  296   296   296   296<br>

<br>

; Pressure coupling<br>

;Pcoupl = no<br>

Pcoupl               =  berendsen<br>

Pcoupltype           =  semiisotropic<br>

tau_p               
=  1.0    1.0       ;
ps<br>

compressibility      =  4.5e-5 4.5e-5    ; 1/bar (water: 1 atm, 300 K)<br>

ref_p               
=  1.0    1.0       ;
bar<br>

<br>

; Generate velocites in the beginning<br>

gen_vel              =  yes<br>

gen_temp             =  296.0<br>

gen_seed             =  173529<br>

<br>

;WALLS<br>

; Number of walls, type, atom types, densities and box-z scale factor for Ewald<br>

nwall                    = 2<br>

wall_type                = 9-3<br>

wall_r_linpot            = -1<br>

wall_atomtype            =<br>

wall_density             =<br>

wall_ewald_zfac          = 3<br>
<br>
Thanks a lot in advance.<br>
Regards,<br>
Anirban<br>