
<html>

<head>

<style>

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Verdana

}

</style>

</head>

<body class='hmmessage'>

Hello,<br>I would like to simulate a CNT and I want to apply a harmonic potential:<br>-on the C-C bonds <br>-on the bond angles <br>-on the dihedral angles<br>with a different spring constant for each case.<br><br>I have read Section 4.3 from Gromacs manual, but I actually have some doubts about how to include this in the topology.<br><br>-for the distance restraints I have tried to use genrestr: <br><br>genrestr -f cnt_wat_gmx_centered.gro -o posre_dist.itp -disre -fc 400000<br><br>&nbsp;The file I obtain is something like:<br><br>; distance restraints for UNK of cnt_wat_gmx.gro created by rdparm2gmx.pl Wed May 20 10:20:59 BST 2009<br><br>[ distance_restraints ]<br>;&nbsp;&nbsp; i&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; j ? label&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; lo&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; up1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; up2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; weight<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.403354&nbsp;&nbsp; 0.603354&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.60335&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.587676&nbsp;&nbsp; 0.787676&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.78768&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp; 0.769212&nbsp;&nbsp; 0.969212&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.96921&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.86081&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.06081&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.06081&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>(...)<br><br>This is different from the [distance_restraint] example shown in pag 69 of the manual, now I don' t have the fac column. I would like to apply a spring constant of 400000 to C-C bonds, but where is the constant here? How could I apply a determined spring constant? In the .mdp file? Besides, all the distances are restrained... Is there any way to restrain only the C-C bonds? I mean I don' t want to restrain the distance between a carbon and a carbon far away from it, only restraining the neighbouring carbons to a distance of 1.4 A.<br><br>Another question is: Is there any tool to construct the equivalent angle_restraints and dihedral_restraints in an authomatic way, or should I do it by hand?<br><br>Thank you very much in advance for your help.<br><br>Best wishes,<br><br>Dr. Rebeca Garcia<br>Parc Cientific de Barcelona<br>Spain<br><br><br><br><br><br><br /><hr />Haz búsquedas con Live Search,  <a href='http://www.buscalasuerte.com/' target='_new'>¡todas tus búsquedas tienen premio!</a></body>

</html>