Dear Justin,<br>

     I am using gromacs-localp of version 4.0.2.
for the calculation of local pressure. But I could not understand what
I should put in the mdp file. Because when I tried by the following
below mdp file, it does not even create tpr file. I have tried by
different options as for example by using Wall but failed to get local
pressure profile. I thought that I have write some thing so that it can
be ok for giving local pressure. Could you please correct my mdp file
and write what extra term I should write in my mdp file to get local
pressure.<br>

Thank you very much for your kind help.<br>

Anirban<br>

<br>

   
title               
=  lipid bilayer in water<br>

cpp                  =  /lib/cpp<br>

<br>

integrator          
= 
sd             
; stochastic dynamics -&gt; Langevin!<br>

ld_seed             
= 
-1             
; random seed for sd<br>

dt                  
= 
0.002           ; ps !<br>

nsteps              
=  250000          ;
total 500 ps<br>

nstcomm             
= 
1              
; freq. for cm-motion removal<br>

tinit               
= 
0              
; starting time (ps)<br>

<br>

constraints         
=  all-bonds       ; constraint for
all bond lengths<br>

constraint_algorithm =  lincs           ; default<br>

lincs_order         
= 
4              
; default<br>

<br>

nstxout             
= 
5000           
; T(x_out) 10 ps<br>

nstvout             
= 
5000           
; T(v_out) 10 ps<br>

nstfout             
= 
0              
; T(f_out)<br>

nstlog              
= 
250            
; energies to log (0.5 ps)<br>

nstenergy           
= 
250            
; energies to energy file<br>

<br>

ns_type             
= 
grid           
; nl type<br>

nstlist             
= 
10             
; Freq. to update neighbour list<br>

rlist               
= 
1.0            
; nm (cutoff for short-range nl)<br>

<br>

coulombtype          =  Reaction-Field  ; Coulomb interactions<br>

rcoulomb            
= 
2.0            
; nm (Coulomb cut-off!!)<br>

epsilon_r           
= 
80.0           
; dielectric constant for reaction field<br>

vdwtype             
=  Cut-off         ; Wan
der Waals interactions<br>

rvdw                
= 
1.0            
; nm (LJ cut-off)<br>

optimize_fft         =  yes<br>

<br>

; Temperature coupling<br>

Tcoupl              
= 
no             
; no effect when integrator = sd<br>

tc-grps             
=  POPC  SM    CHOL  SOL<br>

tau_t               
=  0.1   0.1   0.1   0.1<br>

ref_t               
=  296   296   296   296<br>

<br>

; Pressure coupling<br>

;Pcoupl = no<br>

Pcoupl               =  berendsen<br>

Pcoupltype           =  semiisotropic<br>

tau_p               
=  1.0    1.0       ;
ps<br>

compressibility      =  4.5e-5 4.5e-5    ; 1/bar (water: 1 atm, 300 K)<br>

ref_p               
=  1.0    1.0       ;
bar<br>

<br>

; Generate velocites in the beginning<br>

gen_vel              =  yes<br>

gen_temp             =  296.0<br>

gen_seed             =  173529