<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><div id="yiv895401331">Thanks pawan, for helping.... but one problem still remains that is how to incorporate the .itp file inside the topology file???? and which .itp file should i include is it the lipid.itp orr POPC.itp??<br>thanx for your help<br>Shamik<br><br><br><br><br><br>Greetings from Pawan.<br>Topologies for lipids like POP are not available in the topology database in gromacs.<br>So the starting point would be to generate a topology and a gro file for the protein alone as such and then edit the topology to include the .itp files as specifically needed for the lipids.<br>
<br>Regards,<br>Pawan<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 22, 2009 at 4:42 PM, Samik Bhattacharya <span dir="ltr">&lt;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:samikbhat@yahoo.co.in" target="_blank" href="/mc/compose?to=samikbhat@yahoo.co.in">samikbhat@yahoo.co.in</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font-family: inherit; font-style: inherit; font-variant: inherit; font-weight: inherit; font-size: inherit; line-height: inherit; font-size-adjust: inherit; font-stretch: inherit;" valign="top">
hi<br>i am new to Gromacs. i want to simulate a protein inside a lipid box(preferably POPC or POPE). i have generated the protein inside the POPC box complex. But whenever i am going to build the .gro and .top file of that complex with pdb2gmx an error is creeping in saying "Cant find POP in residue topology database". it cant recognise the lipid.itp and popc.itp files which i've already put into the top directory.<br>
plese help me out.<br>thank you<br></td></tr></tbody></table><div class="hm"><br>


      <hr size="1"> Explore and discover exciting holidays and getaways with Yahoo! India Travel <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_Travel_1/*http://in.travel.yahoo.com/"> Click here!</a></div><br>_______________________________________________<br>

gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/search">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a rel="nofollow" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a rel="nofollow" target="_blank" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>
</div><br>-----Inline Attachment Follows-----<br><br><div class="plainMail">_______________________________________________<br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a></div></blockquote></td></tr></table><br>


      <!--1--><hr size=1></hr> Bollywood news, movie reviews, film trailers and more! <a href="http://in..rd.yahoo.com/tagline_movies_1/*http://in.movies.yahoo.com/?wm=n/"> Click here.</a>