<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>You have an error in your input file.<br>Does grompp also hang with correct mdp parameters?<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Thu, 21 May 2009 23:55:32 +0200<br>&gt; From: spoel@xray.bmc.uu.se<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] grompp 4.0.5 hangs while 3.2.1 works<br>&gt; <br>&gt; Kaihsu Tai wrote:<br>&gt; &gt; I have a system which works with grompp 3.2.1 but grompp <br>&gt; &gt; 4.0.5 hangs at ‘processing topology...’. Is there something <br>&gt; &gt; that had changed (say, file format in .top or .itp) that <br>&gt; &gt; could have caused this? I can supply my topology, <br>&gt; &gt; conformation, etc. files if necessary for debugging. Cheers.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; $ grompp -v -f test0_.mdp -po test0.mdp -c initial.gro   -p Kir21.top -o test0.tpr<br>&gt; &gt;                          :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;                       GROwing Monsters And Cloning Shrimps<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;                             :-)  VERSION 4.0.5  (-:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;       Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>&gt; &gt;        Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>&gt; &gt;              Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>&gt; &gt;             check out http://www.gromacs.org for more information.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;          This program is free software; you can redistribute it and/or<br>&gt; &gt;           modify it under the terms of the GNU General Public License<br>&gt; &gt;          as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>&gt; &gt;              of the License, or (at your option) any later version.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt;                                 :-)  grompp  (-:<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Option     Filename  Type         Description<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;   -f     test0_.mdp  Input, Opt!  grompp input file with MD parameters<br>&gt; &gt;  -po      test0.mdp  Output       grompp input file with MD parameters<br>&gt; &gt;   -c    initial.gro  Input        Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&gt; &gt;   -r       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&gt; &gt;  -rb       conf.gro  Input, Opt.  Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br>&gt; &gt;   -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file<br>&gt; &gt;   -p      Kir21.top  Input        Topology file<br>&gt; &gt;  -pp  processed.top  Output, Opt. Topology file<br>&gt; &gt;   -o      test0.tpr  Output       Run input file: tpr tpb tpa<br>&gt; &gt;   -t       traj.trr  Input, Opt.  Full precision trajectory: trr trj cpt<br>&gt; &gt;   -e       ener.edr  Input, Opt.  Energy file: edr ene<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Option       Type   Value   Description<br>&gt; &gt; ------------------------------------------------------<br>&gt; &gt; -[no]h       bool   no      Print help info and quit<br>&gt; &gt; -nice        int    0       Set the nicelevel<br>&gt; &gt; -[no]v       bool   yes     Be loud and noisy<br>&gt; &gt; -time        real   -1      Take frame at or first after this time.<br>&gt; &gt; -[no]rmvsbds bool   yes     Remove constant bonded interactions with virtual<br>&gt; &gt;                             sites<br>&gt; &gt; -maxwarn     int    0       Number of allowed warnings during input processing<br>&gt; &gt; -[no]zero    bool   no      Set parameters for bonded interactions without<br>&gt; &gt;                             defaults to zero instead of generating an error<br>&gt; &gt; -[no]renum   bool   yes     Renumber atomtypes and minimize number of<br>&gt; &gt;                             atomtypes<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Ignoring obsolete mdp entry 'title'<br>&gt; &gt; Ignoring obsolete mdp entry 'cpp'<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Back Off! I just backed up test0.mdp to ./#test0.mdp.7#<br>&gt; &gt; checking input for internal consistency...<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; NOTE 1 [file test0_.mdp, line unknown]:<br>&gt; &gt;   The Berendsen thermostat does not generate the correct kinetic energy<br>&gt; &gt;   distribution. You might want to consider using the V-rescale thermostat.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; ERROR: With coulombtype = PME, rcoulomb must be equal to rlist<br>&gt; &gt; If you want optimal energy conservation or exact integration use PME-Switch<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; processing topology...<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; _______________________________________________<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br>&gt; Please submit a bugzilla with all input files to reproduce the problem.<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>&gt; Molec. Biophys. group, Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>&gt; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205. Fax: +4618511755.<br>&gt; spoel@xray.bmc.uu.se        spoel@gromacs.org   http://folding.bmc.uu.se<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href='http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/' target='_new'>MSN Messenger</a></body>
</html>