Dear Users<br>I m trying to simulate a structure (not a protein) which is not parametrized in oplsaa FF. I created the structure using PRODRG and included the results of *.itp from PRODRG to ffoplsaa.rtp file and tried to use available oplss_xxx for my atom type near to those ones already exists in *.atp. I also optimized my structure at RHF/6-31G* level and calculated the charge using resp. Then updated ffoplsaa.rtp using this calculated charge. By refering to the mailing list it seems that I need to modify bn.itp and nob.itp file as well (?!). I m just wonder if anybody use PRODRG how he/she parametrized FF. As I m new in GROMACS and any tutorial or procedure to follow will help me so much. Thank you in advance for any ideas or comments.<br><br>Also when I use pdb2gmx, I have this warning; all CONECT records are ignored. However when I proceed with energy minization in vacuum the program doesnt complain and it can produce *.tpr file.<br><br>Regards<br>Rosa<br>
<div>

</div>
<BR>

-- 
<div> Be Yourself @ mail.com!<br>
Choose From 200+ Email Addresses<br>
Get a <b>Free</b> Account at <a href="http://www.mail.com/Product.aspx" target="_blank">www.mail.com</a>!</div>