Hi Bruce,<br>I was trying to generate topologies for one ligand using topolbuild. For the same I used the command &quot;<i><b>topolbuild -dir /home/vivek/topolbuild1_2_1/dat/gromacs/ -ff gmx43a1 -n Bromo-WR99210 -r RESID</b></i>&quot;....<br>
and it resulted in an error as follow:<br><i>Fatal error.<br>Source code file: readmol2.c, line: 580<br>Bond record does not end with another mol2 record type entry.<br><br>From the error it suggest some problem with the input .mo2 format. Here I am attaching the  </i><i><b>Bromo-WR99210.mol2 </b></i>file, which I used as input. Please suggest/correct if I am doing some mistake in command line or I am missing something.<br>
<br>Thanks in advance. <br>~Vivek<br><br><br><div class="gmail_quote">2009/4/16 Bruce D. Ray <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:brucedray@yahoo.com">brucedray@yahoo.com</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">Apparently some versions of make do not handle my make files the same way that<br>the version of make I use does.  The attached Makefile might help in such cases.<div class="im">
<br><br><br>Sincerely,<br><div> </div>-- <br>Bruce D. Ray, Ph.D.<br></div>Associate Scientist, and Operations Director<br>NMR Center<div class="im"><br>IUPUI<br>Physics Dept.<br>402 N. Blackford St.<br>Indianapolis, IN  46202-3273<br>
<br><br><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;"><font face="Tahoma" size="2"><hr size="1"></font><br>

</div></div></div></div><br>

      </div><br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br>