Dear Herk: <br><br>Thank you so much for your help!<br><br>Maybe the way I asked make it confusing. I read your paper: &quot; Determing the shear viscosity of model liquids from molecular dynamics simulations&quot;  You used NVT. My question is which one is better? NPT or NVT? Or you can use either of them. <br>
<br><span style="color: rgb(204, 51, 204);">&quot;Strictly speaking it might be incorrect, but since pressure scaling is usually less than 1%</span><br style="color: rgb(204, 51, 204);"><span style="color: rgb(204, 51, 204);">it will not affect your results significantly.&quot;</span><br>
<br>So technically we should use NVT for the periodic perturbation method, right? Thanks!<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, May 26, 2009 at 12:03 AM, Berk Hess <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:gmx3@hotmail.com">gmx3@hotmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">



<div>
Hi,<br><br>Yes, you can use NPT, the code takes care of this properly.<br>Strictly speaking it might be incorrect, but since pressure scaling is usually less than 1%<br>it will not affect your results significantly.<br><br>
Berk.<br><br><hr>Date: Mon, 25 May 2009 15:19:10 -0700<br>From: <a href="mailto:ysong30@asu.edu" target="_blank">ysong30@asu.edu</a><br>To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Subject: [gmx-users] Viscosity using periodic perturbation method<div><div></div><div class="h5"><br><br>Dear users:<br><br>I was trying to calculate the viscosity of liquid system using periodic perturbation method. Does this method require NVT ensemble simulation in stead of NPT ? Because I read some literature on periodic perturbation method. they all used NVT.  I did not found any information about this on the manual. Can I use NPT Non-equilibrium MD in order to use periodic perturbation method? Thanks in advance!<br>

-- <br>Yanmei Song<br>Ph.D. Candidate<br>Department of Chemical Engineering<br>Arizona State University<br><br></div></div><div class="hm"><hr>Express yourself instantly with MSN Messenger! <a href="http://clk.atdmt.com/AVE/go/onm00200471ave/direct/01/" target="_blank">MSN Messenger</a></div>
</div>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Yanmei Song<br>Ph.D. Candidate<br>
Department of Chemical Engineering<br>Arizona State University<br>