<DIV>Hi everyone!<BR>&nbsp; Have anyone used the Lennard-Jones 9-6 potential for&nbsp; coarse-grained models? when I use it,&nbsp;I&nbsp;get&nbsp;a very different result from&nbsp; that is got from the same Lennard-Jones 9-6 potential&nbsp; formed a potential table,the latter's results are comparable to the experiments. when I use LJ-9-6 potential,the ITP file&nbsp; is as following:<BR>&nbsp; <BR>&nbsp; [ defaults ]<BR>; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ fudgeQQ<BR>&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9</DIV>
<DIV><BR>[ atomtypes ]<BR>;&nbsp;&nbsp; name&nbsp; bond_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon<BR>&nbsp;opls_001&nbsp;&nbsp; Cx&nbsp; 6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 78.0190&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.505&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.95;</DIV>
<DIV><BR>&nbsp;[ moleculetype ]<BR>; Name nrexcl<BR>Phenyl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1</DIV>
<DIV>[ atoms ]<BR>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr resid&nbsp; atom&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass <BR>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; opls_001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; Phenyl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp; 78.0190&nbsp; </DIV>
<DIV><BR>&nbsp;other files ,such as mdp file and top file ,are all the same as normal LJ-12-6 potential, are these correct if I want to use LJ-9-6 potential? Do I still need to change something? Thanks very much for your kindness!<BR><BR></DIV><br><!-- footer --><br><span title="neteasefooter"/><hr/>
<a href="http://512.mail.163.com/mailstamp/stamp/dz/activity.do?from=footer">穿越地震带 纪念汶川地震一周年</a>
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