Dear Gromacs users,<br><br>    I have a question about the twin range cut-off&#39;s in Gromacs.<br><br>    If I choose vdwtype as Cut-off, the manual on run parameters tells me that I need to choose rvdw&gt;=rlist in this case. I have read the section on the treatment of cutoffs in the manual and also the mailing list. My understanding on the twin range cut-off&#39;s is following:<br>
<br>    1, Every nstlist steps, the neighborlist is updated according to the cut-off of neighborlist rlist and all interactions are calculated according to the cut-off of forces, such as rvdw;<br><br>    2, Every step, all interactions of atom pairs in the neighborlist are calculated.<br>
<br>    If my understanding above is correct, it seems that the concept or the algorithm of neighborlist for the twin range cut-off&#39;s in Gromacs is different from the original concept of Verlet neighborlist which is discussed in the textbook on MD simulations, for instance, in the book Understanding Molecular Simulation by Frenkel and Smit. The original algorithm of Verlet list needs rlist&gt;rvdw in order to contain all particles which might have interactions. However, the twin range cut-off&#39;s in Gromacs with rvdw&gt;=rlist seems to be contradict to this original idea of Verlet list and to miss some contribution to the interaction by the particles which stay between rlist and rvdw in the normal steps without updating the neighborlist.<br>
<br>    So my question is: what is the idea for Gromacs to take such algorithm of twin range cut-off&#39;s?<br><br>    Thanks!<br><br>      Yan<br><br> <br>