<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;&nbsp; Firstly, thanks Berk and David van der Spoel for your replies. Maybe I have not explain my problems clearly, there is only one type of particle,namely one full-atom benzene molecule is replaced by one coarse-grained benzene particle,so there in no non-bonded interactions between different types and comb-rule may not work.<BR>in the [ defaults ] section of the ITP file, the defaults power for the repulsion term is 12, if I change it to 9, is that enough&nbsp; if I want to use LJ-9-6 potential? is there still anything needed to be changed? </DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Best regards!<BR><BR></DIV>
<DIV></DIV><BR>
<BLOCKQUOTE id="isReplyContent" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><PRE>&gt;Hi,
&gt;
&gt;I&nbsp;forgot&nbsp;about&nbsp;this&nbsp;feature.
&gt;Your&nbsp;problem&nbsp;is&nbsp;indeed&nbsp;that&nbsp;you&nbsp;used&nbsp;comb-rule=1,
&gt;you&nbsp;have&nbsp;to&nbsp;use&nbsp;2&nbsp;or&nbsp;3&nbsp;to&nbsp;make&nbsp;this&nbsp;work.
&gt;And&nbsp;indeed&nbsp;you&nbsp;should&nbsp;use&nbsp;user&nbsp;tables&nbsp;filled&nbsp;with&nbsp;the&nbsp;9-6&nbsp;potential.
&gt;
&gt;Gromacs&nbsp;could&nbsp;actually&nbsp;easily&nbsp;support&nbsp;p-6&nbsp;tables&nbsp;with&nbsp;any&nbsp;value&nbsp;for&nbsp;p,
&gt;by&nbsp;storing&nbsp;p&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;tpr&nbsp;file&nbsp;and&nbsp;automatically&nbsp;using&nbsp;tables&nbsp;when&nbsp;p!=12.
&gt;
&gt;Berk
&gt;
&gt;&gt;&nbsp;Date:&nbsp;Tue,&nbsp;26&nbsp;May&nbsp;2009&nbsp;09:45:22&nbsp;+0200
&gt;&gt;&nbsp;From:&nbsp;<A href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</A>
&gt;&gt;&nbsp;To:&nbsp;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>
&gt;&gt;&nbsp;Subject:&nbsp;Re:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;Lennard-Jones&nbsp;9-6&nbsp;potential&nbsp;problems
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;zhangjianguo2002&nbsp;wrote:
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Hi&nbsp;everyone!
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Have&nbsp;anyone&nbsp;used&nbsp;the&nbsp;Lennard-Jones&nbsp;9-6&nbsp;potential&nbsp;for&nbsp;&nbsp;coarse-grained&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;models?&nbsp;when&nbsp;I&nbsp;use&nbsp;it,&nbsp;I&nbsp;get&nbsp;a&nbsp;very&nbsp;different&nbsp;result&nbsp;from&nbsp;&nbsp;that&nbsp;is&nbsp;got&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;from&nbsp;the&nbsp;same&nbsp;Lennard-Jones&nbsp;9-6&nbsp;potential&nbsp;&nbsp;formed&nbsp;a&nbsp;potential&nbsp;table,the&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;latter's&nbsp;results&nbsp;are&nbsp;comparable&nbsp;to&nbsp;the&nbsp;experiments.&nbsp;when&nbsp;I&nbsp;use&nbsp;LJ-9-6&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;potential,the&nbsp;ITP&nbsp;file&nbsp;&nbsp;is&nbsp;as&nbsp;following:
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&nbsp;defaults&nbsp;]
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;;&nbsp;nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fudgeLJ&nbsp;fudgeQQ
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;Even&nbsp;if&nbsp;this&nbsp;may&nbsp;generate&nbsp;the&nbsp;correct&nbsp;parameters&nbsp;(please&nbsp;use&nbsp;gmxdump&nbsp;to&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;check&nbsp;your&nbsp;tpr&nbsp;file)&nbsp;you&nbsp;still&nbsp;have&nbsp;to&nbsp;provide&nbsp;a&nbsp;user&nbsp;table&nbsp;to&nbsp;mdrun&nbsp;and&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;to&nbsp;set&nbsp;vdw-type&nbsp;=&nbsp;user&nbsp;in&nbsp;your&nbsp;mdp&nbsp;file.&nbsp;You&nbsp;may&nbsp;need&nbsp;to&nbsp;change&nbsp;the&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;nbfunc&nbsp;to&nbsp;three&nbsp;as&nbsp;well.&nbsp;Check&nbsp;source&nbsp;code&nbsp;in&nbsp;src/kernel/convparm&nbsp;to&nbsp;see&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;what&nbsp;is&nbsp;going&nbsp;on.&nbsp;&nbsp;I&nbsp;don't&nbsp;think&nbsp;this&nbsp;is&nbsp;documented&nbsp;anywhere,&nbsp;is&nbsp;it?
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;[&nbsp;atomtypes&nbsp;]
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;name&nbsp;&nbsp;bond_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;epsilon
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;opls_001&nbsp;&nbsp;&nbsp;Cx&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;78.0190&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.505&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.95;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;[&nbsp;moleculetype&nbsp;]
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;;&nbsp;Name&nbsp;nrexcl
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Phenyl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;[&nbsp;atoms&nbsp;]
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;type&nbsp;&nbsp;resnr&nbsp;resid&nbsp;&nbsp;atom&nbsp;&nbsp;cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;opls_001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;Phenyl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;78.0190&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;other&nbsp;files&nbsp;,such&nbsp;as&nbsp;mdp&nbsp;file&nbsp;and&nbsp;top&nbsp;file&nbsp;,are&nbsp;all&nbsp;the&nbsp;same&nbsp;as&nbsp;normal&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;LJ-12-6&nbsp;potential,&nbsp;are&nbsp;these&nbsp;correct&nbsp;if&nbsp;I&nbsp;want&nbsp;to&nbsp;use&nbsp;LJ-9-6&nbsp;potential?&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Do&nbsp;I&nbsp;still&nbsp;need&nbsp;to&nbsp;change&nbsp;something?&nbsp;Thanks&nbsp;very&nbsp;much&nbsp;for&nbsp;your&nbsp;kindness!
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;------------------------------------------------------------------------
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;´©Ô½µØÕð´ø&nbsp;¼ÍÄîãë´¨µØÕðÒ»ÖÜÄê&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&lt;http://512.mail.163.com/mailstamp/stamp/dz/activity.do?from=footer&gt;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;
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&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;_______________________________________________
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>
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&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Please&nbsp;search&nbsp;the&nbsp;archive&nbsp;at&nbsp;http://www.gromacs.org/search&nbsp;before&nbsp;posting!
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Please&nbsp;don't&nbsp;post&nbsp;(un)subscribe&nbsp;requests&nbsp;to&nbsp;the&nbsp;list.&nbsp;Use&nbsp;the&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;www&nbsp;interface&nbsp;or&nbsp;send&nbsp;it&nbsp;to&nbsp;<A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.
&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Can't&nbsp;post?&nbsp;Read&nbsp;http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;--&nbsp;
&gt;&gt;&nbsp;David&nbsp;van&nbsp;der&nbsp;Spoel,&nbsp;Ph.D.,&nbsp;Professor&nbsp;of&nbsp;Biology
&gt;&gt;&nbsp;Molec.&nbsp;Biophys.&nbsp;group,&nbsp;Dept.&nbsp;of&nbsp;Cell&nbsp;&amp;&nbsp;Molec.&nbsp;Biol.,&nbsp;Uppsala&nbsp;University.
&gt;&gt;&nbsp;Box&nbsp;596,&nbsp;75124&nbsp;Uppsala,&nbsp;Sweden.&nbsp;Phone:        +46184714205.&nbsp;Fax:&nbsp;+4618511755.
&gt;&gt;&nbsp;<A href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</A>        <A href="mailto:spoel@gromacs.org">spoel@gromacs.org</A>&nbsp;&nbsp;&nbsp;http://folding.bmc.uu.se
&gt;&gt;&nbsp;_______________________________________________
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&gt;
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&gt;End&nbsp;of&nbsp;gmx-users&nbsp;Digest,&nbsp;Vol&nbsp;61,&nbsp;Issue&nbsp;124
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