<DIV>&gt;zhangjianguo2002&nbsp;wrote:<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Firstly,&nbsp;thanks&nbsp;Berk&nbsp;and&nbsp;David&nbsp;van&nbsp;der&nbsp;Spoel&nbsp;for&nbsp;your&nbsp;replies.&nbsp;Maybe&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;I&nbsp;have&nbsp;not&nbsp;explain&nbsp;my&nbsp;problems&nbsp;clearly,&nbsp;there&nbsp;is&nbsp;only&nbsp;one&nbsp;type&nbsp;of&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;particle,namely&nbsp;one&nbsp;full-atom&nbsp;benzene&nbsp;molecule&nbsp;is&nbsp;replaced&nbsp;by&nbsp;one&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;coarse-grained&nbsp;benzene&nbsp;particle,so&nbsp;there&nbsp;in&nbsp;no&nbsp;non-bonded&nbsp;interactions&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;between&nbsp;different&nbsp;types&nbsp;and&nbsp;comb-rule&nbsp;may&nbsp;not&nbsp;work.<BR>&gt;&gt;&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;[&nbsp;defaults&nbsp;]&nbsp;section&nbsp;of&nbsp;the&nbsp;ITP&nbsp;file,&nbsp;the&nbsp;defaults&nbsp;power&nbsp;for&nbsp;the&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;repulsion&nbsp;term&nbsp;is&nbsp;12,&nbsp;if&nbsp;I&nbsp;change&nbsp;it&nbsp;to&nbsp;9,&nbsp;is&nbsp;that&nbsp;enough&nbsp;&nbsp;if&nbsp;I&nbsp;want&nbsp;to&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;use&nbsp;LJ-9-6&nbsp;potential?&nbsp;is&nbsp;there&nbsp;still&nbsp;anything&nbsp;needed&nbsp;to&nbsp;be&nbsp;changed?<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;<BR>&gt;That&nbsp;is&nbsp;not&nbsp;enough.&nbsp;Please&nbsp;read&nbsp;carefully&nbsp;our&nbsp;previous&nbsp;answers.</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks very much for your suggestions! I just want to use LJ-9-6 potential by providing sigma and epsilon parameters, that would be easer to change the potential by changing&nbsp;sigma and epsilon&nbsp;values than by changing potential table, does GROMACS support this ? or does GROMACS only support potential tables if the power of the repulsion term is not 12 ?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;Best&nbsp;regards!<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;Hi,<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;I&nbsp;forgot&nbsp;about&nbsp;this&nbsp;feature.<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;Your&nbsp;problem&nbsp;is&nbsp;indeed&nbsp;that&nbsp;you&nbsp;used&nbsp;comb-rule=1,<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;you&nbsp;have&nbsp;to&nbsp;use&nbsp;2&nbsp;or&nbsp;3&nbsp;to&nbsp;make&nbsp;this&nbsp;work.<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;And&nbsp;indeed&nbsp;you&nbsp;should&nbsp;use&nbsp;user&nbsp;tables&nbsp;filled&nbsp;with&nbsp;the&nbsp;9-6&nbsp;potential.<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;Gromacs&nbsp;could&nbsp;actually&nbsp;easily&nbsp;support&nbsp;p-6&nbsp;tables&nbsp;with&nbsp;any&nbsp;value&nbsp;for&nbsp;p,<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;by&nbsp;storing&nbsp;p&nbsp;in&nbsp;the&nbsp;tpr&nbsp;file&nbsp;and&nbsp;automatically&nbsp;using&nbsp;tables&nbsp;when&nbsp;p!=12.<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks for your reply, do you mean that if p !=12 ,I have to change p to the value I want ,at the same time I have to provide a potential table according to LJ-P-6?</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV><BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;Berk<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;Date:&nbsp;Tue,&nbsp;26&nbsp;May&nbsp;2009&nbsp;09:45:22&nbsp;+0200<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;From:&nbsp;spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&lt;mailto:spoel@xray.bmc.uu.se&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;To:&nbsp;gmx-users@gromacs.org&nbsp;&lt;mailto:gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;Subject:&nbsp;Re:&nbsp;[gmx-users]&nbsp;Lennard-Jones&nbsp;9-6&nbsp;potential&nbsp;problems<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;zhangjianguo2002&nbsp;wrote:<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Hi&nbsp;everyone!<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;Have&nbsp;anyone&nbsp;used&nbsp;the&nbsp;Lennard-Jones&nbsp;9-6&nbsp;potential&nbsp;for&nbsp;&nbsp;coarse-grained&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;models?&nbsp;when&nbsp;I&nbsp;use&nbsp;it,&nbsp;I&nbsp;get&nbsp;a&nbsp;very&nbsp;different&nbsp;result&nbsp;from&nbsp;&nbsp;that&nbsp;is&nbsp;got&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;from&nbsp;the&nbsp;same&nbsp;Lennard-Jones&nbsp;9-6&nbsp;potential&nbsp;&nbsp;formed&nbsp;a&nbsp;potential&nbsp;table,the&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;latter's&nbsp;results&nbsp;are&nbsp;comparable&nbsp;to&nbsp;the&nbsp;experiments.&nbsp;when&nbsp;I&nbsp;use&nbsp;LJ-9-6&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;potential,the&nbsp;ITP&nbsp;file&nbsp;&nbsp;is&nbsp;as&nbsp;following:<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;[&nbsp;defaults&nbsp;]<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;;&nbsp;nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;fudgeLJ&nbsp;fudgeQQ<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;9<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;Even&nbsp;if&nbsp;this&nbsp;may&nbsp;generate&nbsp;the&nbsp;correct&nbsp;parameters&nbsp;(please&nbsp;use&nbsp;gmxdump&nbsp;to&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;check&nbsp;your&nbsp;tpr&nbsp;file)&nbsp;you&nbsp;still&nbsp;have&nbsp;to&nbsp;provide&nbsp;a&nbsp;user&nbsp;table&nbsp;to&nbsp;mdrun&nbsp;and&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;to&nbsp;set&nbsp;vdw-type&nbsp;=&nbsp;user&nbsp;in&nbsp;your&nbsp;mdp&nbsp;file.&nbsp;You&nbsp;may&nbsp;need&nbsp;to&nbsp;change&nbsp;the&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;nbfunc&nbsp;to&nbsp;three&nbsp;as&nbsp;well.&nbsp;Check&nbsp;source&nbsp;code&nbsp;in&nbsp;src/kernel/convparm&nbsp;to&nbsp;see&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;what&nbsp;is&nbsp;going&nbsp;on.&nbsp;&nbsp;I&nbsp;don't&nbsp;think&nbsp;this&nbsp;is&nbsp;documented&nbsp;anywhere,&nbsp;is&nbsp;it?<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>Thanks very much for your advice! According to you , I&nbsp;provide a user table( Does this mean that LJ'parameters epsilon and sigma setted in the ITP file don't work ?&nbsp;) and set vdw-type = user&nbsp;as well as change nbfunc to three ,but&nbsp;grompp reports some&nbsp;errors that :&nbsp;"Invalid nonbond function selector '3' using LJ",I read the manual again,it says : non-bond type =1(Lennaed-Jones) or 2(Buckingham), that is seemed that 3 is a illegal choice, is there something wrong?<BR></DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<DIV>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;[&nbsp;atomtypes&nbsp;]<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;name&nbsp;&nbsp;bond_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;ptype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;epsilon<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;opls_001&nbsp;&nbsp;&nbsp;Cx&nbsp;&nbsp;6&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;78.0190&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.505&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;2.95;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;[&nbsp;moleculetype&nbsp;]<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;;&nbsp;Name&nbsp;nrexcl<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Phenyl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;[&nbsp;atoms&nbsp;]<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;;&nbsp;&nbsp;&nbsp;nr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;type&nbsp;&nbsp;resnr&nbsp;resid&nbsp;&nbsp;atom&nbsp;&nbsp;cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;mass<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;opls_001&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;Phenyl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;C1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;0.000&nbsp;&nbsp;78.0190&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&nbsp;other&nbsp;files&nbsp;,such&nbsp;as&nbsp;mdp&nbsp;file&nbsp;and&nbsp;top&nbsp;file&nbsp;,are&nbsp;all&nbsp;the&nbsp;same&nbsp;as&nbsp;normal&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;LJ-12-6&nbsp;potential,&nbsp;are&nbsp;these&nbsp;correct&nbsp;if&nbsp;I&nbsp;want&nbsp;to&nbsp;use&nbsp;LJ-9-6&nbsp;potential?&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Do&nbsp;I&nbsp;still&nbsp;need&nbsp;to&nbsp;change&nbsp;something?&nbsp;Thanks&nbsp;very&nbsp;much&nbsp;for&nbsp;your&nbsp;kindness!<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;´©Ô½µØÕð´ø&nbsp;¼ÍÄîãë´¨µØÕðÒ»ÖÜÄê&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;&lt;http://512.mail.163.com/mailstamp/stamp/dz/activity.do?from=footer&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;_______________________________________________<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users@gromacs.org&nbsp;&lt;mailto:gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Please&nbsp;search&nbsp;the&nbsp;archive&nbsp;at&nbsp;http://www.gromacs.org/search&nbsp;before&nbsp;posting!<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Please&nbsp;don't&nbsp;post&nbsp;(un)subscribe&nbsp;requests&nbsp;to&nbsp;the&nbsp;list.&nbsp;Use&nbsp;the&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;www&nbsp;interface&nbsp;or&nbsp;send&nbsp;it&nbsp;to&nbsp;gmx-users-request@gromacs.org&nbsp;&lt;mailto:gmx-users-request@gromacs.org&gt;.<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;&gt;&nbsp;Can't&nbsp;post?&nbsp;Read&nbsp;http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;--&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;David&nbsp;van&nbsp;der&nbsp;Spoel,&nbsp;Ph.D.,&nbsp;Professor&nbsp;of&nbsp;Biology<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;Molec.&nbsp;Biophys.&nbsp;group,&nbsp;Dept.&nbsp;of&nbsp;Cell&nbsp;&amp;&nbsp;Molec.&nbsp;Biol.,&nbsp;Uppsala&nbsp;University.<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;Box&nbsp;596,&nbsp;75124&nbsp;Uppsala,&nbsp;Sweden.&nbsp;Phone:        +46184714205.&nbsp;Fax:&nbsp;+4618511755.<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;spoel@xray.bmc.uu.se&nbsp;&lt;mailto:spoel@xray.bmc.uu.se&gt;        spoel@gromacs.org&nbsp;&lt;mailto:spoel@gromacs.org&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;http://folding.bmc.uu.se<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;_______________________________________________<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users@gromacs.org&nbsp;&lt;mailto:gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;Please&nbsp;search&nbsp;the&nbsp;archive&nbsp;at&nbsp;http://www.gromacs.org/search&nbsp;before&nbsp;posting!<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;Please&nbsp;don't&nbsp;post&nbsp;(un)subscribe&nbsp;requests&nbsp;to&nbsp;the&nbsp;list.&nbsp;Use&nbsp;the&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;www&nbsp;interface&nbsp;or&nbsp;send&nbsp;it&nbsp;to&nbsp;gmx-users-request@gromacs.org&nbsp;&lt;mailto:gmx-users-request@gromacs.org&gt;.<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;&gt;&nbsp;Can't&nbsp;post?&nbsp;Read&nbsp;http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;_________________________________________________________________<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;See&nbsp;all&nbsp;the&nbsp;ways&nbsp;you&nbsp;can&nbsp;stay&nbsp;connected&nbsp;to&nbsp;friends&nbsp;and&nbsp;family<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;--------------&nbsp;next&nbsp;part&nbsp;--------------<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;An&nbsp;HTML&nbsp;attachment&nbsp;was&nbsp;scrubbed...<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;URL:&nbsp;http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090526/2143fc5e/attachment.html<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;------------------------------<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;_______________________________________________<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;gmx-users@gromacs.org&nbsp;&lt;mailto:gmx-users@gromacs.org&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;Please&nbsp;search&nbsp;the&nbsp;archive&nbsp;at&nbsp;http://www.gromacs.org/search&nbsp;before&nbsp;posting!<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;End&nbsp;of&nbsp;gmx-users&nbsp;Digest,&nbsp;Vol&nbsp;61,&nbsp;Issue&nbsp;124<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&gt;******************************************<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;穿越地震带&nbsp;纪念汶川地震一周年<BR>&gt;&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&lt;http://512.mail.163.com/mailstamp/stamp/dz/activity.do?from=footer&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&gt;&nbsp;穿越地震带&nbsp;纪念汶川地震一周年&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&lt;http://512.mail.163.com/mailstamp/stamp/dz/activity.do?from=footer&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&gt;&nbsp;穿越地震带&nbsp;纪念汶川地震一周年&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;&lt;http://512.mail.163.com/mailstamp/stamp/dz/activity.do?from=footer&gt;<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;&gt;&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;_______________________________________________<BR>&gt;&gt;&nbsp;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;gmx-users@gromacs.org<BR>&gt;&gt;&nbsp;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt;&gt;&nbsp;Please&nbsp;search&nbsp;the&nbsp;archive&nbsp;at&nbsp;http://www.gromacs.org/search&nbsp;before&nbsp;posting!<BR>&gt;&gt;&nbsp;Please&nbsp;don't&nbsp;post&nbsp;(un)subscribe&nbsp;requests&nbsp;to&nbsp;the&nbsp;list.&nbsp;Use&nbsp;the&nbsp;<BR>&gt;&gt;&nbsp;www&nbsp;interface&nbsp;or&nbsp;send&nbsp;it&nbsp;to&nbsp;gmx-users-request@gromacs.org.<BR>&gt;&gt;&nbsp;Can't&nbsp;post?&nbsp;Read&nbsp;http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;--&nbsp;<BR>&gt;David&nbsp;van&nbsp;der&nbsp;Spoel,&nbsp;Ph.D.,&nbsp;Professor&nbsp;of&nbsp;Biology<BR>&gt;Molec.&nbsp;Biophys.&nbsp;group,&nbsp;Dept.&nbsp;of&nbsp;Cell&nbsp;&amp;&nbsp;Molec.&nbsp;Biol.,&nbsp;Uppsala&nbsp;University.<BR>&gt;Box&nbsp;596,&nbsp;75124&nbsp;Uppsala,&nbsp;Sweden.&nbsp;Phone:        +46184714205.&nbsp;Fax:&nbsp;+4618511755.<BR>&gt;spoel@xray.bmc.uu.se        spoel@gromacs.org&nbsp;&nbsp;&nbsp;http://folding.bmc.uu.se<BR>&gt;<BR>&gt;<BR>&gt;------------------------------<BR>&gt;<BR>&gt;_______________________________________________<BR>&gt;gmx-users&nbsp;mailing&nbsp;list<BR>&gt;gmx-users@gromacs.org<BR>&gt;http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<BR>&gt;Please&nbsp;search&nbsp;the&nbsp;archive&nbsp;at&nbsp;http://www.gromacs.org/search&nbsp;before&nbsp;posting!<BR>&gt;<BR>&gt;End&nbsp;of&nbsp;gmx-users&nbsp;Digest,&nbsp;Vol&nbsp;61,&nbsp;Issue&nbsp;129<BR>&gt;******************************************<BR></DIV><br><!-- footer --><br><span title="neteasefooter"/><hr/>
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