<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;"><br>Hi ALL,<br><br>Thanks a lot Chris, Justin and Tsjerk for yor replies.<br>Actually, my problem is not fully resolved. A portion of the protein tail is outside the water box in the Z direction (coordinate in Z is -35). So as suggested by you when I am issuing the command "editconf -f box.gro -o BOX.gro -box 0 0 -3.5", but after that genbox is giving the error:<br><br>Fatal error:<br>Undefined solute box.<br>Create one with editconf or give explicit -box command line option<br><br>Please can you specify the proper command, so that the water box is extended only in the negative Z direction (to solvate the portion of the protein out of the box)<br><br>Regards,<br><br><br><br><div><font color="#0000bf" size="4"></font>&nbsp;</div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Anirban Ghosh</strong></div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Grade Based
 Engineer<br>Bioinformatics Team<br>Centre for Development of Advanced Computing (C-DAC)<br>Pune, India<br></strong></div></td></tr></table><br>


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