<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br>I am trying to simulate a protein in aqueous solution 1M (KCl) with Gromacs and using the amber force field.<br><br>I get the topology of the solvated protein - without the ions- from amber (Leap) and then used the script amb2gmx.pl to obtain the Gromacs .top and .gro files.<br>I did not introduced the ions from Amber because amb2gmx.pl is only written for NaCl, so I used genion to ionize the system.<br>I added the lines correspondent to the ions in Amber to the .top of Gromacs:<br><br>[ atomtypes ]<br>amber99_51&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp; 0.0000&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 4.73602e-01&nbsp; 1.37235e-03 ; K+ ion<br>amber99_30&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.0000&nbsp; 0.0000&nbsp; A&nbsp;&nbsp; 4.40104e-01&nbsp; 4.18400e-01 ; Cl- ion<br><br>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; amber99_51&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; K&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39.10000<br><br>[ moleculetype ]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br>[ atoms ]<br>;&nbsp;&nbsp; nr&nbsp;&nbsp; type&nbsp; resnr residue&nbsp; atom&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; amber99_30&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Cl&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 35.45000<br><br>and everything went OK, but after equilibration I have observed that KCl is aggregating, like if it was making crystals. When I used NaCl instead KCl, this not happened.<br><br>Does anybody has any idea about the reason of the behaviour of KCl in the simulation?<br><br>Thank you very much in advance for your help.<br><br>Rebeca Garcia <br>Academic Visitor<br>Dep. of Biochemistry<br>University of Oxford<br><br><br /><hr />Ahora, GRATIS Hotmail en tu móvil  <a href='http://serviciosmoviles.es.msn.com/hotmail.aspx' target='_new'>¡Descúbrelo aquí!</a></body>
</html>