<div>Dear David, thanks for the reply. </div><div>In fact 3 carbons can provide me the normal </div><div>vector of the molecule. But according to manual, </div><div>g_sorient considers the angle formed by the triple 1 2 3, </div>
<div>as the vector that goes from 2 to the midpoint of 1 and 3 </div><div>(which is the plan of the molecule). </div><div>So how can I to build a index file for g_sorient to plot the</div><div>normal vector? </div><div>Sorry if the question is obvious and I can&#39;t to see.</div>
<div>Bests</div>_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br>Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>Universidade Federal do ABC — CCNH<br>Av. dos Estados, 5001<br>Santo André - SP - Brasil<br>CEP 09210-971<br>
+55.11.4437-0196<div><div><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><br> ----------------------------<br>
<br>
Message: 5<br>
Date: Wed, 3 Jun 2009 09:08:43 -0300<br>
From: Eudes Fileti &lt;<a href="mailto:fileti@ufabc.edu.br">fileti@ufabc.edu.br</a>&gt;<br>
Subject: [gmx-users] Re: Normal of the benzene and z axis.<br>
To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
Message-ID:<br>
        &lt;<a href="mailto:65e289a20906030508y708e2633rddba6dc6c8f1642a@mail.gmail.com">65e289a20906030508y708e2633rddba6dc6c8f1642a@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
Content-Type: text/plain; charset=&quot;windows-1252&quot;<br>
<br>
Thanks for the reply.<br>
But I have tried use g_sorient tool and I could<br>
not see what the sequence of index give me a normal<br>
vector of the molecule of benzene.<br>
There another tool for this analysis?<br>
Bests<br>
eef<br>
_______________________________________<br>
Eudes Eterno Fileti<br>
Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>
Universidade Federal do ABC — CCNH<br>
Av. dos Estados, 5001<br>
Santo André - SP - Brasil<br>
CEP 09210-971<br>
+55.11.4437-0196<br>
<a href="http://fileti.ufabc.edu.br" target="_blank">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>
<br>
<br>
On Tue, Jun 2, 2009 at 9:01 AM, Eudes Fileti &lt;<a href="mailto:fileti@ufabc.edu.br">fileti@ufabc.edu.br</a>&gt; wrote:<br>
<br>
&gt; Dear gmx users;How can I calculate the angle distribution forthe angle<br>
&gt; between the normal of the benzene and z axis?<br>
&gt; Bests<br>
&gt; eef<br>
&gt; _______________________________________<br>
&gt; Eudes Eterno Fileti<br>
&gt; Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>
&gt; Universidade Federal do ABC — CCNH<br>
&gt; Av. dos Estados, 5001<br>
&gt; Santo André - SP - Brasil<br>
&gt; CEP 09210-971<br>
&gt; +55.11.4437-0196<br>
&gt; <a href="http://fileti.ufabc.edu.br" target="_blank">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>
&gt;<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090603/31b76231/attachment-0001.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090603/31b76231/attachment-0001.html</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
Eudes Fileti wrote:<br>
&gt; Thanks for the reply.<br>
&gt; But I have tried use g_sorient tool and I could<br>
&gt; not see what the sequence of index give me a normal<br>
&gt; vector of the molecule of benzene.<br>
three carbons in the ring.<br>
&gt; There another tool for this analysis?<br>
&gt; Bests<br>
&gt; eef<br>
&gt; _______________________________________<br>
&gt; Eudes Eterno Fileti<br>
&gt; Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>
&gt; Universidade Federal do ABC — CCNH<br>
&gt; Av. dos Estados, 5001<br>
&gt; Santo André - SP - Brasil<br>
&gt; CEP 09210-971<br>
&gt; +55.11.4437-0196<br>
&gt; <a href="http://fileti.ufabc.edu.br" target="_blank">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; On Tue, Jun 2, 2009 at 9:01 AM, Eudes Fileti &lt;<a href="mailto:fileti@ufabc.edu.br">fileti@ufabc.edu.br</a><br>
&gt; &lt;mailto:<a href="mailto:fileti@ufabc.edu.br">fileti@ufabc.edu.br</a>&gt;&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt;     Dear gmx users;<br>
&gt;     How can I calculate the angle distribution for<br>
&gt;     the angle between the normal of the benzene and z axis?<br>
&gt;     Bests<br>
&gt;     eef<br>
&gt;     _______________________________________<br>
&gt;     Eudes Eterno Fileti<br>
&gt;     Centro de Ciências Naturais e Humanas<br>
&gt;     Universidade Federal do ABC — CCNH<br>
&gt;     Av. dos Estados, 5001<br>
&gt;     Santo André - SP - Brasil<br>
&gt;     CEP 09210-971<br>
&gt;     +55.11.4437-0196<br>
&gt;     <a href="http://fileti.ufabc.edu.br" target="_blank">http://fileti.ufabc.edu.br</a><br>
&gt;<br><br>
</blockquote></div><br></div></div>