Hi,<br><br>Even though after going through the manual, I still have some basic confusions regarding generating topologies.<br><br>1) I have generated an itp file after adding some Cl- ions using genion. It goes like this:<br>

<br>[ moleculetype ]<br>; Name            nrexcl<br>Cl_ion           0<br><br>[ atoms ]<br>;   nr       type  resnr residue  atom   cgnr     charge       mass  typeB    chargeB      massB<br>     1        CL-      1    Cl-     Cl      1         -1     35.453   ; qtot -1<br>

     2        CL-      2    Cl-     Cl      2         -1     35.453   ; qtot -2<br>     3        CL-      3    Cl-     Cl      3         -1     35.453   ; qtot -3<br>........<br>........<br><br>To allow nb interactions between all the atoms in the molecule Cl_ion, is setting nrexcl = 0 okay?<br>

<br>2) In spce.itp provided with GROMACS, <br>
<br>
[ moleculetype ]<br>
; molname       nrexcl<br>
SOL             2<br>
<br>
while in the manual, on pg. 100 (Chapter-5 Topologies)<br>
[ moleculetype ]<br>

; molname       nrexcl<br>

SOL             1<br>
<br>
why is the inconsistency?<br>
<br>3) I am using SPC/E water model with GROMOS96 43a1 ff, (SPC is recommended). Since SPC/E is one of the most used model, should I consider using OPLS rather than GROMOS96, otherwise how significant will be the errors? <br>

<br>4) I am using GROMOS96 43a1, so am I allowed to change combination rule to &#39;2&#39; ( &#39;1&#39;  is the default). How significantly will it affect the simulations?<br><br>Any relevant idea/suggestion/reference is appreciated.<br>

<br>Thanks,<br><br clear="all">Manik Mayur<br>Graduate student<br>Microfluidics Lab<br>Dept. of Mechanical Engg.<br>IIT Kharagpur<br>INDIA<br>