Dear all,<br><br>                     I am doing simulation of membrane protein for this I am following justin&#39;s tutorial  In the first equilibration step i am getting error like this-<br>-------------------------------------------------------<br>
Program mdrun, VERSION 4.0.3<br>Source code file: trnio.c, line: 252<br><br>File input/output error:<br>Cannot write trajectory frame; maybe you are out of quota?<br><br>Can anyone have idea to solve this problem? If have please let me know.<br>
<br>My command line like this- <br><br>mdrun -v -s nvt.tpr -o new_seq-nvt.trr -c new_seq-nvt.gro -e newe_seq-nvt.edr -g new_seq-nvt.log.<br><br>My nvt.mdp file is below-<br><br>title           = NVT equilibration for TAP-DMPC<br>
define          = -DPOSRES      ; position restrain the protein<br>; Run parameters<br>integrator      = md            ; leap-frog integrator<br>nsteps          = 25000         ; 2 * 25000 = 50 ps<br>dt              = 0.002         ; 2 fs<br>
; Output control<br>nstxout         = 100           ; save coordinates every 0.2 ps<br>nstvout         = 100           ; save velocities every 0.2 ps<br>nstenergy       = 100           ; save energies every 0.2 ps<br>nstlog          = 100           ; update log file every 0.2 ps<br>
; Bond parameters<br>continuation    = no            ; first dynamics run<br>constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints <br>constraints     = all-bonds     ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrai<br>ned<br>
lincs_iter      = 1             ; accuracy of LINCS<br>lincs_order     = 4             ; also related to accuracy<br>; Neighborsearching<br>ns_type         = grid          ; search neighboring grid cels<br>nstlist         = 5             ; 10 fs<br>
rlist           = 1             ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>rcoulomb        = 1             ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>rvdw            = 1.2           ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>
; Electrostatics<br>coulombtype     = cut-off       ; coulombtype cut-off<br>pme_order       = 4             ; cubic interpolation<br>fourierspacing  = 0.16          ; grid spacing for FFT<br>; Temperature coupling is on<br>
tcoupl          = V-rescale     ; modified Berendsen thermostat<br>tc-grps         = Protein DMPC SOL_NA+  ; three coupling groups - more accurat<br>e<br>tau_t           = 0.1   0.1     0.1     ; time constant, in ps<br>ref_t           = 323   323     323     ; reference temperature, one for each <br>
group, in K<br>; Pressure coupling is off<br>pcoupl          = no            ; no pressure coupling in NVT<br>; Periodic boundary conditions <br>pbc             = xyz           ; 3-D PBC<br>; Dispersion correction<br>DispCorr        = EnerPres      ; account for cut-off vdW scheme<br>
; Velocity generation<br>gen_vel         = yes           ; assign velocities from Maxwell distribution<br>gen_temp        = 323           ; temperature for Maxwell distribution<br>gen_seed        = -1            ; generate a random seed<br>
<br>Thanks a lot in advance.<br><br>Nitu sharma<br><br>