Greetings gromacs users--<br />I&#39;m using the pull code to calculate the binding affinity of a small drug molecule to DNA, and I have a concern. Does the pull code (see my pull.ppa below) account for the fact that the DNA rotates/translates during MD, and therefore the x- y- and z- directions of pulling are changing with time? <br /><br />verbose                 = no<br />runtype                 = afm<br />group_1                = drug<br />reference_group     = DNA_site<br />reftype                  = com<br />afm_k1                 = 1000<br /><br />Have a great day,<br />Dayle Smith<br /><br />Department of Physics<br />Whitman College<br />Walla Walla, WA, USA