<html><head><style type="text/css"><!-- DIV {margin:0px;} --></style></head><body><div style="font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:10pt"><DIV>Hi</DIV>
<DIV>I&nbsp;have gone through the material you have earlier mentioned but&nbsp; I am still in dark&nbsp;and not sure where to start. Should I make chages in the relevent .rtp file to incorporate the atoms of the FE-S cluster?</DIV>
<DIV>Subarna<BR></DIV>
<DIV style="FONT-SIZE: 10pt; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif"><BR>
<DIV style="FONT-SIZE: 13px; FONT-FAMILY: arial, helvetica, sans-serif"><FONT face=Tahoma size=2>
<HR SIZE=1>
<B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">From:</SPAN></B> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">To:</SPAN></B> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Sent:</SPAN></B> Wednesday, 3 June, 2009 4:46:37 PM<BR><B><SPAN style="FONT-WEIGHT: bold">Subject:</SPAN></B> Re: [gmx-users] problem with FeS cluster<BR></FONT><BR><BR><BR>subarna thakur wrote:<BR>&gt; Hello user<BR>&gt; Can anybody please tell me how to prepare a topology file for the FES4 cluster incorporated in a protein<BR>&gt;&nbsp; <BR><BR>I passed along some useful information to you yesterday.&nbsp; There is no easy answer.&nbsp; To do so would involve a large amount of work, in any case, if it is even possible to model this species using a standard MM force field.<BR><BR>-Justin<BR><BR>&gt; Subarna<BR>&gt; <BR>&gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt;
 Cricket on your mind? Visit the ultimate cricket website. Enter now! &lt;<A href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_cricket_1/*http://beta.cricket.yahoo.com" target=_blank>http://in.rd.yahoo.com/tagline_cricket_1/*http://beta.cricket.yahoo.com</A>&gt;<BR>&gt; <BR>&gt; <BR>&gt; ------------------------------------------------------------------------<BR>&gt; <BR>&gt; _______________________________________________<BR>&gt; gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR>&gt; <A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target=_blank>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>&gt; Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search" target=_blank>http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <A
 href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>&gt; Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=_blank>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A><BR><BR>-- ========================================<BR><BR>Justin A. Lemkul<BR>Ph.D. Candidate<BR>ICTAS Doctoral Scholar<BR>Department of Biochemistry<BR>Virginia Tech<BR>Blacksburg, VA<BR>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<BR><A href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target=_blank>http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</A><BR><BR>========================================<BR>_______________________________________________<BR>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <A href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A><BR><A href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
 target=_blank>http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</A><BR>Please search the archive at <A href="http://www.gromacs.org/search" target=_blank>http://www.gromacs.org/search</A> before posting!<BR>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <A href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</A>.<BR>Can't post? Read <A href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target=_blank>http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</A><BR></DIV></DIV></div><br>


      <!--1--><hr size=1></hr> Bollywood news, movie reviews, film trailers and more! <a href="http://in.rd.yahoo.com/tagline_movies_1/*http://in.movies.yahoo.com/?wm=n/"> Click here.</a></body></html>