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Hi,<br>I am doing a simulation combining amber and Gaff force field (for dopc lipids), this is the first part of my topology file:<br><br>; UNK_GMX.top created by acpypi on Thu Jun&nbsp; 4 22:06:03 2009<br><br>[ defaults ]<br>; nbfunc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; comb-rule&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; gen-pairs&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; fudgeLJ fudgeQQ<br>1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.8333<br><br>[ atomtypes ]<br>;name&nbsp;&nbsp; bond_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mass&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge&nbsp;&nbsp; ptype&nbsp;&nbsp; sigma&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; epsilon&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Amb<br>&nbsp;CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.39967e-01&nbsp;&nbsp; 3.59824e-01 ; 1.91&nbsp; 0.0860<br>&nbsp;CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.39967e-01&nbsp;&nbsp; 4.57730e-01 ; 1.91&nbsp; 0.1094<br>&nbsp;C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.39967e-01&nbsp;&nbsp; 3.59824e-01 ; 1.91&nbsp; 0.0860<br>&nbsp;HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00&nbsp;&nbsp; 0.00000e+00 ; 0.00&nbsp; 0.0000<br>&nbsp;O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.95992e-01&nbsp;&nbsp; 8.78640e-01 ; 1.66&nbsp; 0.2100<br>&nbsp;OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; OH&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.00000&nbsp; 0.00000&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.06647e-01&nbsp;&nbsp; 8.80314e-01 ; 1.72&nbsp; 0.2104<br>&nbsp;c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0100&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.12654&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.399676e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.577296e-01 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.91&nbsp; 0.1094<br>&nbsp;hc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; hc&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.02245&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.649538e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.568880e-02 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.49&nbsp; 0.0157<br>&nbsp;c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0100&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.15458&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.399676e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.598240e-01 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.91&nbsp; 0.0860<br>&nbsp;ha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ha&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.11146&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.599647e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.276000e-02 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.46&nbsp; 0.0150<br>&nbsp;c&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; c&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.0100&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.44800&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.399676e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.598240e-01 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.91&nbsp; 0.0860<br>&nbsp;o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.47180&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.959927e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8.786400e-01 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.66&nbsp; 0.2100<br>&nbsp;os&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; os&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16.0000&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.15429&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.000018e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.112800e-01 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.68&nbsp; 0.1700<br>&nbsp;h1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; h1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0080&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.16551&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.471358e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.568880e-02 ;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.39&nbsp; 0.0157<br>&nbsp;p5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; p5&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30.9700&nbsp;&nbsp; 1.14364&nbsp;&nbsp;&nbsp; A&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.741781e-01&nbsp;&nbsp;&nbsp;&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