<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Thank you very much, Alan.<BR>
In this case, I am not&nbsp;using acpypi, since I am using a topology for&nbsp;dopc already published, and it&nbsp;is already converted into Gromacs. So, it´s&nbsp; manually, as you suppose.&nbsp;I will follow your suggestion and&nbsp;change c and o by c_ and o_.<BR>
Best&nbsp;wishes,<BR>
Rebeca.<BR>&nbsp;<BR>
<HR id=stopSpelling>
From: alanwilter@gmail.com<BR>Date: Thu, 4 Jun 2009 22:19:30 +0100<BR>To: gmx-users@gromacs.org<BR>Subject: [gmx-users] Re: goverrriding problem<BR><BR>
<DIV class=EC_gmail_quote>
<DIV>Yep, contrary to AMBER, GMX is not case sensitive, so C and c are the same and since you declare them twice you get this overriding warning.</DIV>
<DIV><BR></DIV>
<DIV>However, I did acpypi aware of this (it should add '_' to e.g. c, making 'c_'). Unless you're doing something manually (as it seems). Otherwise it would a pleasure to see this issue closely (can you send me your input prmtop and inpcrd?).</DIV>
<DIV><BR></DIV>
<DIV>Otherwise do it yourself by making c_ and o_ and the overriding warn will be off.</DIV>
<DIV><BR></DIV>
<DIV>Cheers,</DIV>
<DIV>Alan</DIV>
<DIV>&nbsp;</DIV>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #ccc 1px solid; PADDING-LEFT: 1ex" class=EC_gmail_quote><BR>Message: 7<BR>Date: Thu, 4 Jun 2009 20:55:52 +0000<BR>From: Rebeca Garc?a Fandi?o &lt;<A href="mailto:regafan@hotmail.com">regafan@hotmail.com</A>&gt;<BR>Subject: [gmx-users] overrriding problem<BR>To: &lt;<A href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</A>&gt;<BR>Message-ID: &lt;BAY142-W269F0995D7F3B4890E330DB74B0@phx.gbl&gt;<BR>Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<BR><BR><BR>Hi,<BR>I am doing a simulation combining amber and Gaff force field (for dopc lipids), this is the first part of my topology file:<BR><BR>; UNK_GMX.top created by acpypi on Thu Jun &nbsp;4 22:06:03 2009<BR><BR>[ defaults ]<BR>; nbfunc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;comb-rule &nbsp; &nbsp; &nbsp; gen-pairs &nbsp; &nbsp; &nbsp; fudgeLJ fudgeQQ<BR>1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; yes &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.5 &nbsp; &nbsp; 0.8333<BR><BR>[ atomtypes ]<BR>;name &nbsp; bond_type &nbsp; &nbsp; mass &nbsp; &nbsp; charge &nbsp; ptype &nbsp; sigma &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; epsilon &nbsp; &nbsp; &nbsp; Amb<BR>&nbsp;CA &nbsp; &nbsp; &nbsp; CA &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 3.39967e-01 &nbsp; 3.59824e-01 ; 1.91 &nbsp;0.0860<BR>&nbsp;CT &nbsp; &nbsp; &nbsp; CT &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 3.39967e-01 &nbsp; 4.57730e-01 ; 1.91 &nbsp;0.1094<BR>&nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;C &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 3.39967e-01 &nbsp; 3.59824e-01 ; 1.91 &nbsp;0.0860<BR>&nbsp;HO &nbsp; &nbsp; &nbsp; HO &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 0.00000e+00 &nbsp; 0.00000e+00 ; 0.00 &nbsp;0.0000<BR>&nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;O &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 2.95992e-01 &nbsp; 8.78640e-01 ; 1.66 &nbsp;0.2100<BR>&nbsp;OH &nbsp; &nbsp; &nbsp; OH &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 3.06647e-01 &nbsp; 8.80314e-01 ; 1.72 &nbsp;0.2104<BR>&nbsp;c3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;c3 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.0100 &nbsp; &nbsp;-0.12654 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.399676e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;4.577296e-01 ; &nbsp; &nbsp; 1.91 &nbsp;0.1094<BR>&nbsp;hc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;hc &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0080 &nbsp; &nbsp; 0.02245 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.649538e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.568880e-02 ; &nbsp; &nbsp; 1.49 &nbsp;0.0157<BR>&nbsp;c2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;c2 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 12.0100 &nbsp; &nbsp;-0.15458 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.399676e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.598240e-01 ; &nbsp; &nbsp; 1.91 &nbsp;0.0860<BR>&nbsp;ha &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;ha &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0080 &nbsp; &nbsp; 0.11146 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.599647e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.276000e-02 ; &nbsp; &nbsp; 1.46 &nbsp;0.0150<BR>&nbsp;c &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; c &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;12.0100 &nbsp; &nbsp; 0.44800 &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.399676e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.598240e-01 ; &nbsp; &nbsp; 1.91 &nbsp;0.0860<BR>&nbsp;o &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; o &nbsp; &nbsp; &nbsp; 16.0000 &nbsp; &nbsp;-0.47180 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.959927e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;8.786400e-01 ; &nbsp; &nbsp; 1.66 &nbsp;0.2100<BR>&nbsp;os &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;os &nbsp; &nbsp; &nbsp; 16.0000 &nbsp; &nbsp;-0.15429 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.000018e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;7.112800e-01 ; &nbsp; &nbsp; 1.68 &nbsp;0.1700<BR>&nbsp;h1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;h1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 1.0080 &nbsp; &nbsp; 0.16551 &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;2.471358e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.568880e-02 ; &nbsp; &nbsp; 1.39 &nbsp;0.0157<BR>&nbsp;p5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;p5 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;30.9700 &nbsp; 1.14364 &nbsp; &nbsp;A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.741781e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;8.368000e-01 ; &nbsp; &nbsp; 2.10 &nbsp;0.2000<BR>&nbsp;n4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;n4 &nbsp; &nbsp; &nbsp; 14.0100 &nbsp; &nbsp; 0.01626 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;3.250004e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;7.112800e-01 ; &nbsp; &nbsp; 1.82 &nbsp;0.1700<BR>&nbsp;hx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;hx &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.0080 &nbsp; &nbsp; 0.08244 &nbsp; &nbsp; A &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;1.959981e-01 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;6.568880e-02 ; &nbsp; &nbsp; 1.10 &nbsp;0.0157<BR>&nbsp;OW &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;OW &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 3.16572e-01 &nbsp; 6.49775e-01 ; 1.78 &nbsp;0.1553<BR>&nbsp;HW &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;HW &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 0.00000e+00 &nbsp; 0.00000e+00 ; 0.00 &nbsp;0.0000<BR>&nbsp;Na &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Na &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 2.15954e-01 &nbsp; 1.47545e+00 ; 1.21 &nbsp;0.3526<BR>&nbsp;Cl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Cl &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; 0.00000 &nbsp;0.00000 &nbsp; A &nbsp; &nbsp; 4.83045e-01 &nbsp; 5.34924e-02 ; 2.71 &nbsp;0.0128<BR><BR>When I try to minimize the system, with grompp -f minimizado.mdp -c final_system.gro -p final_system.top -o minimizado.tpr I find 2 warnings:<BR><BR>WARNING 1 [file final_system.top, line 19]:<BR>&nbsp;Overriding atomtype c<BR>WARNING 2 [file final_system.top, line 20]:<BR>&nbsp;Overriding atomtype o<BR><BR>It is like it is not distinguing the capitals for amber and non-capitals for gaff. Does anybody know which can be the cause of these warnings?<BR><BR>Thank you very much,<BR><BR>Rebeca Garcia<BR>University of Oxford<BR></BLOCKQUOTE></DIV><BR>-- <BR>Alan Wilter S. da Silva, D.Sc. - CCPN Research Associate<BR>Department of Biochemistry, University of Cambridge.<BR>80 Tennis Court Road, Cambridge CB2 1GA, UK.<BR>&gt;&gt;<A href="http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28">http://www.bio.cam.ac.uk/~awd28</A>&lt;&lt;<BR><br /><hr />Comparte tus fotos con tus amigos. Más fácil con <a href='http://download.live.com' target='_new'>Windows Live</a></body>
</html>