<div class="gmail_quote">On Thu, Jun 4, 2009 at 1:40 PM, rituraj purohit <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:riturajpurohit@gmail.com">riturajpurohit@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

Dear mark<br>
Where i can get the file with permission.<br>
I downloaded from   <a href="http://swift.cmbi.kun.nl/gv/dssp/" target="_blank">http://swift.cmbi.kun.nl/gv/dssp/</a><br>
</blockquote><br>$chmod a+x &lt;path to&gt;/dssp<br><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Rituraj<br>
<br>
On 6/4/09, <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a> &lt;<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt; wrote:<br>
&gt; Send gmx-users mailing list submissions to<br>
&gt;         <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;<br>
&gt;  To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
&gt;         <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;  or, via email, send a message with subject or body &#39;help&#39; to<br>
&gt;         <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
&gt;<br>
&gt;  You can reach the person managing the list at<br>
&gt;         <a href="mailto:gmx-users-owner@gromacs.org">gmx-users-owner@gromacs.org</a><br>
&gt;<br>
&gt;  When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
&gt;  than &quot;Re: Contents of gmx-users digest...&quot;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  Today&#39;s Topics:<br>
&gt;<br>
&gt;    1. Re: PME on BlueGene (Mark Abraham)<br>
&gt;    2. about PMF calculation (<a href="mailto:mircial@sjtu.edu.cn">mircial@sjtu.edu.cn</a>)<br>
&gt;    3. Replacing the PRODRG charges (Lucio Ricardo Montero Valenzuela)<br>
&gt;    4. Re: Replacing the PRODRG charges (Mark Abraham)<br>
&gt;    5. how to include ionic strength (amri ta)<br>
&gt;    6. Re: how to include ionic strength (Mark Abraham)<br>
&gt;    7. DSSP problem (rituraj purohit)<br>
&gt;    8. Re: DSSP problem (Mark Abraham)<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  ----------------------------------------------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;  Message: 1<br>
&gt;  Date: Thu, 04 Jun 2009 11:06:16 +1000<br>
&gt;  From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt;  Subject: Re: [gmx-users] PME on BlueGene<br>
&gt;  To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;  Message-ID: &lt;<a href="mailto:4A271E08.2090806@anu.edu.au">4A271E08.2090806@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt;  Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
&gt;<br>
&gt;  Jakob Wohlert wrote:<br>
&gt;  &gt; Mark Abraham wrote:<br>
&gt;  &gt;&gt; Jakob Wohlert wrote:<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; Hi,<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; I&#39;m trying to compile Gromacs 4.0.4 for BlueGene/P, and using the<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; configuration options from the wiki I have succeeded insofar that I<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; have a<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; working program as long as I don&#39;t use PME.<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; I have tried many different variants of fftw - 2.1.5, 3.2.1, single<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; precision, double precision, different compiler optimizations and so on,<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; but it all ends the same: mdrun getting stuck somewhere in the<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; initialization process.<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; However, by using the built in fft library FFTPACK instead of FFTW, PME<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; will work, but that is not really an alternative.<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; In at least a few cases I have been able to pinpoint the location<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; where it<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; hangs - it&#39;s in pme.c, subroutine pme_dd_sendrecv. The program calls<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; MPI_Sendrecv, but then nothing else happens as far as I can tell.<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt;<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; I&#39;m confused and I have sort of ran out of ideas right now. Has anyone<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; else encountered a problem like this, or has anyone any suggestions<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; how to<br>
&gt;  &gt;&gt;&gt; proceed from here?<br>
&gt;  &gt; Thanks for your answer!<br>
&gt;  &gt;<br>
&gt;  &gt;&gt; That looks to me like the separate PME nodes are dying through some<br>
&gt;  &gt;&gt; linking problem and the problem is only manifest on node 0 when its<br>
&gt;  &gt;&gt; sendrecv doesn&#39;t complete. Forcing mdrun -npme 0 may confirm this when<br>
&gt;  &gt;&gt; all the nodes die at the first point they refer to a symbol in the FFT<br>
&gt;  &gt;&gt; library.<br>
&gt;  &gt;&gt;<br>
&gt;  &gt;&gt; Otherwise, looking at warnings/errors from the linker will be required.<br>
&gt;  &gt; Ok, can you be a little more specific? Do you mean when compiling fftw,<br>
&gt;  &gt; gromacs or both? I&#39;m not very experienced with these kind of things.<br>
&gt;<br>
&gt;  GROMACS links with the FFTW library, so there ought to be warnings of<br>
&gt;  potential problems at link time, i.e. the final stage of a GROMACS &quot;make<br>
&gt;  mdrun&quot; (having started with a clean configuration, either freshly<br>
&gt;  unpacked or after &quot;make clean&quot;). The last 100 or so lines of the output<br>
&gt;  of &quot;make mdrun&quot; should have any relevant data.<br>
&gt;<br>
&gt;  &gt;&gt; Are you compiling an FFT library version for the back end, or the<br>
&gt;  &gt;&gt; front end?<br>
&gt;  &gt; I&#39;m trying to get it to work on the back end, on the front end it works<br>
&gt;  &gt; fine! (So, I have fftw libraries for both).<br>
&gt;<br>
&gt;  My BG/L FFTW-3.2 configure line is<br>
&gt;<br>
&gt;  ../configure --prefix /hpc/home/mja163/progs CC=blrts_xlc --host=powerpc<br>
&gt;  --build=ppc64 CFLAGS=-qbgl -qarch=440d -qtune=440 -qnoautoconfig -O5<br>
&gt;  --disable-fortran --enable-float<br>
&gt;<br>
&gt;  but you may need to tweak that for BG/P for all I know. Let me know<br>
&gt;  when/if something works and I&#39;ll update the wiki.<br>
&gt;<br>
&gt;  Mark<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;  Message: 2<br>
&gt;  Date: Thu, 04 Jun 2009 13:56:51 +0800<br>
&gt;  From: <a href="mailto:mircial@sjtu.edu.cn">mircial@sjtu.edu.cn</a><br>
&gt;  Subject: [gmx-users] about PMF calculation<br>
&gt;  To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;  Message-ID: &lt;<a href="mailto:20090604135651.2wdhcqo28csw8kc8@webmail1.sjtu.edu.cn">20090604135651.2wdhcqo28csw8kc8@webmail1.sjtu.edu.cn</a>&gt;<br>
&gt;  Content-Type: text/plain;       charset=GB2312; DelSp=&quot;Yes&quot;;    format=&quot;flowed&quot;<br>
&gt;<br>
&gt;  Dear All:<br>
&gt;<br>
&gt;       I want to do some PMF (Potenial of Mean Force) calculation by<br>
&gt;  AFM pulling method using the pull code to study the unbinding of a<br>
&gt;  protein and a ligand.<br>
&gt;<br>
&gt;       I want pull the ligand from its binding site and calculate the<br>
&gt;  PMF of the procedure, does it possible?<br>
&gt;<br>
&gt;       I have read the user manual about PMF calculation carefully, but<br>
&gt;  still not clear how to do . Does anyone have any tutorial about how to<br>
&gt;  do this kind of calculation or any published papers doing this things?<br>
&gt;  anyhelp is greatly appreciate!<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;                 Best Wishes<br>
&gt;                                      R-X Gu<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;  Message: 3<br>
&gt;  Date: Thu, 04 Jun 2009 01:24:32 -0500<br>
&gt;  From: Lucio Ricardo Montero Valenzuela &lt;<a href="mailto:lucioric@ibt.unam.mx">lucioric@ibt.unam.mx</a>&gt;<br>
&gt;  Subject: [gmx-users] Replacing the PRODRG charges<br>
&gt;  To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;  Message-ID: &lt;<a href="mailto:1244096672.4a2768a0e40d0@webmail.ibt.unam.mx">1244096672.4a2768a0e40d0@webmail.ibt.unam.mx</a>&gt;<br>
&gt;  Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
&gt;<br>
&gt;  I want to run a MD in an unparameterized molecule similar to adenine. I can get<br>
&gt;  the approximated parameters in PRODRG. But I have read that PRODRG not always<br>
&gt;  give the correct charge. Is it a good idea to replace that charges using the<br>
&gt;  charges given with the R.E.D.vIII using ESP-A1 (suitable for AMBER, GLYCAM and<br>
&gt;  OPLS forcefields)?. Or will it be mixing forcefields?.<br>
&gt;<br>
&gt;  Lucio Ricardo Montero Valenzuela<br>
&gt;  Instituto de Biotecnologia, UNAM<br>
&gt;  Departamento de Biologia Molecular de Plantas<br>
&gt;  Av. Universidad 2001, Col. Chamilpa<br>
&gt;  Cuernavaca 62210<br>
&gt;  Mexico<br>
&gt;<br>
&gt;  ----------------------------------------------------------------<br>
&gt;  Este mensaje fue enviado desde el servidor Webmail del Instituto de Biotecnologia.<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;  Message: 4<br>
&gt;  Date: Thu, 04 Jun 2009 16:29:03 +1000<br>
&gt;  From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt;  Subject: Re: [gmx-users] Replacing the PRODRG charges<br>
&gt;  To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;  Message-ID: &lt;<a href="mailto:4A2769AF.6000808@anu.edu.au">4A2769AF.6000808@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt;  Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
&gt;<br>
&gt;  Lucio Ricardo Montero Valenzuela wrote:<br>
&gt;  &gt; I want to run a MD in an unparameterized molecule similar to adenine. I can get<br>
&gt;  &gt; the approximated parameters in PRODRG. But I have read that PRODRG not always<br>
&gt;  &gt; give the correct charge. Is it a good idea to replace that charges using the<br>
&gt;  &gt; charges given with the R.E.D.vIII using ESP-A1 (suitable for AMBER, GLYCAM and<br>
&gt;  &gt; OPLS forcefields)?. Or will it be mixing forcefields?.<br>
&gt;<br>
&gt;  That depends on your target forcefield for your MD.<br>
&gt;<br>
&gt;  Mark<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;  Message: 5<br>
&gt;  Date: Thu, 4 Jun 2009 12:27:00 +0530 (IST)<br>
&gt;  From: amri ta &lt;<a href="mailto:amrita0092002@yahoo.co.in">amrita0092002@yahoo.co.in</a>&gt;<br>
&gt;  Subject: [gmx-users] how to include ionic strength<br>
&gt;  To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;  Message-ID: &lt;<a href="mailto:418624.33836.qm@web8708.mail.in.yahoo.com">418624.33836.qm@web8708.mail.in.yahoo.com</a>&gt;<br>
&gt;  Content-Type: text/plain; charset=&quot;iso-8859-1&quot;<br>
&gt;<br>
&gt;  Dear gromacs users,<br>
&gt;<br>
&gt;  I am simulating a protein which works in salt solution within cell. I have to include 4M salt (say, NaCl) to the simulation box. How can i include such ionic strength? Please outline me the procedure.<br>
&gt;<br>
&gt;  Thanks in advance.<br>
&gt;  Amrita Paul<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;       Cricket on your mind? Visit the ultimate cricket website. Enter <a href="http://beta.cricket.yahoo.com" target="_blank">http://beta.cricket.yahoo.com</a><br>
&gt;  -------------- next part --------------<br>
&gt;  An HTML attachment was scrubbed...<br>
&gt;  URL: <a href="http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090604/84086c55/attachment-0001.html" target="_blank">http://www.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20090604/84086c55/attachment-0001.html</a><br>


&gt;<br>
&gt;  ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;  Message: 6<br>
&gt;  Date: Thu, 04 Jun 2009 17:09:35 +1000<br>
&gt;  From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt;  Subject: Re: [gmx-users] how to include ionic strength<br>
&gt;  To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;  Message-ID: &lt;<a href="mailto:4A27732F.1020303@anu.edu.au">4A27732F.1020303@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt;  Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
&gt;<br>
&gt;  amri ta wrote:<br>
&gt;  &gt; Dear gromacs users,<br>
&gt;  &gt;<br>
&gt;  &gt; I am simulating a protein which works in salt solution within cell. I<br>
&gt;  &gt; have to include 4M salt (say, NaCl) to the simulation box. How can i<br>
&gt;  &gt; include such ionic strength? Please outline me the procedure.<br>
&gt;<br>
&gt;  If you do some tutorial material, you will find out the procedure for<br>
&gt;  adding ions. Finding out how many ions to add is for you to calculate :-)<br>
&gt;<br>
&gt;  Mark<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;  Message: 7<br>
&gt;  Date: Thu, 4 Jun 2009 12:52:32 +0530<br>
&gt;  From: rituraj purohit &lt;<a href="mailto:riturajpurohit@gmail.com">riturajpurohit@gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;  Subject: [gmx-users] DSSP problem<br>
&gt;  To: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;  Message-ID:<br>
&gt;         &lt;<a href="mailto:685cca3f0906040022j73103651p972ec3922736edc9@mail.gmail.com">685cca3f0906040022j73103651p972ec3922736edc9@mail.gmail.com</a>&gt;<br>
&gt;  Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>
&gt;<br>
&gt;  Dear all<br>
&gt;  I want ti install DSSP for visualization of secondary structure in<br>
&gt;  gromacs analysis.<br>
&gt;  I am doing following procedure..<br>
&gt;  Copy the executable &quot;dsspcmbi&quot;  to /usr/bin or /usr/local/bin<br>
&gt;   ln -s dsspcmbi dssp<br>
&gt;  And running it for my Pdb like that....<br>
&gt;  dssp file.pdb file.dssp<br>
&gt;<br>
&gt;  BUt I am getting error &quot;Permission Denied&quot; even i m super user for the<br>
&gt;  machine (root).<br>
&gt;<br>
&gt;  [root@localhost ~]# dssp<br>
&gt;  bash: /usr/local/bin/dssp: Permission denied<br>
&gt;  [root@localhost ~]#<br>
&gt;<br>
&gt;  Plaese any body tell the solution for this problem...<br>
&gt;<br>
&gt;  Regard<br>
&gt;  Rituraj<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  --<br>
&gt;  &quot;The future belongs to those who believe in the beauty of their dreams.&quot;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;  Message: 8<br>
&gt;  Date: Thu, 04 Jun 2009 17:28:13 +1000<br>
&gt;  From: Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt;  Subject: Re: [gmx-users] DSSP problem<br>
&gt;  To: Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
&gt;  Message-ID: &lt;<a href="mailto:4A27778D.1060506@anu.edu.au">4A27778D.1060506@anu.edu.au</a>&gt;<br>
&gt;  Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
&gt;<br>
&gt;  rituraj purohit wrote:<br>
&gt;  &gt; Dear all<br>
&gt;  &gt; I want ti install DSSP for visualization of secondary structure in<br>
&gt;  &gt; gromacs analysis.<br>
&gt;  &gt; I am doing following procedure..<br>
&gt;  &gt; Copy the executable &quot;dsspcmbi&quot;  to /usr/bin or /usr/local/bin<br>
&gt;  &gt;   ln -s dsspcmbi dssp<br>
&gt;  &gt; And running it for my Pdb like that....<br>
&gt;  &gt; dssp file.pdb file.dssp<br>
&gt;  &gt;<br>
&gt;  &gt; BUt I am getting error &quot;Permission Denied&quot; even i m super user for the<br>
&gt;  &gt; machine (root).<br>
&gt;  &gt;<br>
&gt;  &gt; [root@localhost ~]# dssp<br>
&gt;  &gt; bash: /usr/local/bin/dssp: Permission denied<br>
&gt;  &gt; [root@localhost ~]#<br>
&gt;  &gt;<br>
&gt;  &gt; Plaese any body tell the solution for this problem...<br>
&gt;<br>
&gt;  You may still need execute permissions on the original executable. You<br>
&gt;  should not ever be running as root when not installing software or<br>
&gt;  maintaining the system.<br>
&gt;<br>
&gt;  Mark<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;  ------------------------------<br>
&gt;<br>
&gt;  _______________________________________________<br>
&gt;  gmx-users mailing list<br>
&gt;  <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt;  <a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt;  Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
&gt;<br>
&gt;  End of gmx-users Digest, Vol 62, Issue 26<br>
&gt;  *****************************************<br>
&gt;<br>
<br>
<br>
--<br>
&quot;The future belongs to those who believe in the beauty of their dreams.&quot;<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br clear="all">Manik Mayur<br>Graduate student<br>Microfluidics Lab<br>Dept. of Mechanical Engg.<br>IIT Kharagpur<br>INDIA<br>
<br>