Dear all,<br><br>I am using the pulling code in gromacs 4.0.5 with constant velocity pulling.<br><br>My case is pulling protein in two opposite directions, which I do not want any other extra force acting on the protein. <br>
<br>So I did not assign any reference group in the simulation, and I got a warning saying that:  absolut coordinates is used as reference group and it will cause artifacts.<br><br>According to the manual, ( 0, 0, 0 ) is used as reference group, but I still do not understand what kind of artifacts could happen. <br>
<br>The only thing I can think of is the periodical boundary, but I am not sure, could any one have any idea?<br><br>Thanks!<br clear="all"><br>-- <br>Senbo Xiao<br><br>PICB, Shanghai, 200031<br>CHINA <br>