<div class="gmail_quote">2009/6/5 Dmitri Dubov <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:ddubov@ngs.ru">ddubov@ngs.ru</a>&gt;</span><br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">







<div>

<p>Hi, all</p>
<p><br></p>
<p>Using gromacs 3.3 I try to work with tip5 water, but I fail to convert water molecules of gro-file to tip5 kind. Conversion to tip4p from spc is easy with pdb2gmx</p>
<p><br></p>
<p>pdb2gmx -f my_spc.gro -water tip4p -o my_tip4.gro -p my_tip4.top </p>
</div></blockquote><div><p>Does it really converts like that? I mean will it adjust the bonds and add a dummy atom just like that?<br></p></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div>
<p>, but when I apply similar command for tip5p, the output gro-file contains only four-point water molecules.</p>
<p><br></p>
<p>Could anyone help me?</p>
<p><span>-- </span></p>
<p><span>Regards,</span></p>
<p><span> Dmitri                          </span><a href="mailto:ddubov@ngs.ru" target="_blank">mailto:ddubov@ngs.ru</a></p>

</div><br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br><br clear="all">Manik Mayur<br>Graduate student<br>

Microfluidics Lab<br>Dept. of Mechanical Engg.<br>IIT Kharagpur<br>INDIA<br>
<br><br><br>