Dear all<br><br>                     I am on the final step of  MD simulation of membrane protein . the final mdrun has successfully  completed after that I have filtered the water from the system .next step is to convert it in final pdb to view it in pymol for this  I am using &quot;trjconv&quot; in this step I have to  select a group from this option-<br>
<br>Group     0 (      System) has 419010 elements<br>Group     1 (     Protein) has  9902 elements<br>Group     2 (   Protein-H) has  7778 elements<br>Group     3 (     C-alpha) has  1000 elements<br>Group     4 (    Backbone) has  3000 elements<br>
Group     5 (   MainChain) has  4000 elements<br>Group     6 (MainChain+Cb) has  4922 elements<br>Group     7 ( MainChain+H) has  4961 elements<br>Group     8 (   SideChain) has  4941 elements<br>Group     9 ( SideChain-H) has  3778 elements<br>
Group    10 ( Prot-Masses) has  9902 elements<br>Group    11 ( Non-Protein) has 409108 elements<br>Group    12 (        DMPC) has  5520 elements<br>Group    13 (         SOL) has 403578 elements<br>Group    14 (         NA+) has    10 elements<br>
Group    15 (       Other) has 409108 elements<br>Select a group: <br><br>for protein with lipid bilayer which group is suitable can anyone suggest me?<br><br>Becoz a/c to my opinion in group 0 there may be water also but I want to remove water .<br>
so please if anyone have idea about this please suggest me .<br><br>thanks a lot.<br><br>Nitu Sharma.<br>