<html>
<head>
<style>
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Verdana
}
</style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>The equation you refer to is only an initial guess for the optimization.<br>The positions of the shells are optimized using the forces from<br>the full potential function.<br><br>Berk<br><br>&gt; From: rafapa@us.es<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Date: Tue, 9 Jun 2009 09:51:13 +0200<br>&gt; Subject: [gmx-users] Shell dynamics with vdW terms.<br>&gt; <br>&gt; Hello,<br>&gt; <br>&gt; I have some troubles understanding the way used by Gromacs in optimizing <br>&gt; the position of shells. In section 3.5.1 the manual says that the force on a <br>&gt; shell particle is decomposed into two terms. The first represents the <br>&gt; polarization and the second includes the Coulomb and van der Waals <br>&gt; interactions. It continues assuming that the second term is constant and <br>&gt; derives an analytic expression to calculate the shell position.<br>&gt; <br>&gt; My troubles arise after reading the paper: J. Phys. Chem. B 2009, 113, <br>&gt; 7270-7281 by A. Villa, B. Hess &amp; H. Saint-Martin. In the paper they simulate <br>&gt; Lanthanides in water. In Table 2 they assign a 1/r**12 term to the ion-shell - <br>&gt; water-shell interaction (the A_MIM parameter). I believe that this term is <br>&gt; used in eq. 8 of the Supporting Information. Because is vdW like it seems to <br>&gt; me that it breaks the previously mentioned assumption of vdW constancy.<br>&gt; <br>&gt; Could anybody help me?<br>&gt; <br>&gt; Thanks a lot.<br>&gt; <br>&gt; Rafael<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; Dr. Rafael R. Pappalardo<br>&gt; Dept. of Physical Chemistry, Univ. de Sevilla (Spain)<br>&gt; e-mail: rafapa@us.es<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />See all the ways you can stay connected <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>to friends and family</a></body>
</html>