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<body class='hmmessage'>

Hello,<br>I have done a simulation using Gromacs 4 (4.0.2) and I would like to have a trajectory were the protein is fitted to the first structure (to mantain the exact orientation).<br><br>When I have tried<br><br>echo 1 1 0 | trjconv -f production_1_3.xtc -s production1.tpr -center -fit rot+trans -pbc mol -o production_1_3_fit.xtc<br><br>visualizing production_1_3_fit.xtc I can see that the protein is fitted, however there are a lot of "holes" into the water box. It seems like the pbc were not correctly applied. I have tried changing a lot of options (-pbc res, -boxcenter rect,...) but nothing works.<br><br>The options<br><br>trjconv -f production_1_3.xtc -s production1.tpr -center -boxcenter rect -fit rot+trans -pbc mol -o production_1_3_fit.xtc<br><br>do not produce any hole in the box of water, but the box entirely moves around the protein, and sometimes it is outside of it and not solvated.<br><br>I have also tried using Gromacs 4.0.4, but the problem is still the same.<br><br>Could anybody give an idea of how solving it, please?<br><br>Thank you very much for your help.<br><br>Best wishes,<br><br>Rebeca Garcia <br>Academic Visitor<br>Oxford University<br><br /><hr />Charlas más divertidas con el nuevo <a href='http://download.live.com' target='_new'>Windows Live Messenger</a></body>

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