Dear all <br><br> I have done successfully simulation of membrane protein , but after that to visualise my final model clearly I have to remove water molecules from my system (protein+lipid+water).<br><br>But  I have no Idea about the which command I should use to do this even it doesn&#39;t mentioned in justin,s tutorial also to make final pdb after simulation.<br>
<br>So can anyone suggest me  how to remove water form my final simulation system to make final pdb of only protein and lipid molecule?<br><br>If anyone can help me I willbe really thankful for him/her.<br><br>Nitu Sharma.<br>
Jawaherlal Nehru University<br>New Delhi , India.<br>