Hi all.<br><br>Sorry for waking up this subject again. But it rise a question for me:<br><br>Is gmx 4 or gmx 3.3 that has a bug so?<br><br>And, what is the bug concerned exactly? Buckingham interaction, 1-4 interactions, or buckingham 1-4 interactions?<br>
<br>Thanks a lot in advance,<br><br>Sincerally yours,<br><br>Jones<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, May 27, 2009 at 1:03 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">Mark Abraham wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Simba Xiao wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Dear all,<br>
<br>
Does your GMX 4 past the gmxtest package in the gmx wiki ?<br>
<br>
My Gromacs 4.0.4 can not pass all the test. The test  tip4p, ti4pflex and some kernel issues failed.<br>
</blockquote>
<br>
That&#39;s normal at the moment, unfortunately. Future releases of gmxtest will probably fix the non-kernel issues, and GROMACS &gt; 4.0.5 will fix the kernel issues.<br>
</blockquote>
<br></div>
Sorry, I mis-remembered something. The kernel issues were caused by a hard-to-provoke bug in 3.3.x which provided the reference trajectories. GROMACS 4.0.x are fine, but the test fails because of the flawed reference values. See bugzilla 313 for details.<br>
<font color="#888888">
<br>
Mark</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

I use standard packages and everything looks find. The simulation result are good and identical  to gromacs 3.3.3.<br>
<br>
But, still it annoys me with the test result.<br>
<br>
Can somebody tell how much the test matters and can somebody tell something more than the wiki tells (It dose not explain much).<br>
</blockquote>
<br>
Well, it does explain things, but not such that a new GROMACS user can get a useful result from existing versions of gmxtest. I&#39;ll upgrade the wiki documentation if/when a gmxtest re-release happens.<br>
<br>
Mark<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
</blockquote>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>