Gromacs Users,<br>     The Onuchic Group at
UCSD has developed a webtool and tutorial for using All-atom (and
C-alpha) Structure-based Hamiltonians (aka Go Models) in Gromacs.  <a href="http://sbm.ucsd.edu/" target="_blank">http://sbm.ucsd.edu/</a>  
All you need to do is provide a pdb file with protein, RNA and/or DNA
chains (there are also some supported ligands) and the webtool will provide
you with the appropriate .gro and .top files.  Basically, this module
does what pdb2gmx does, but for structure-based forcefields.   It is only &quot;beta&quot; because we periodically add more functionality to the
tool.   We already use the tool to prepare production simulations. 
Questions, comments and suggestions regarding this model and webtool should be
directed to <a href="mailto:sbm-help@ctbp.ucsd.edu" target="_blank">sbm-help@ctbp.ucsd.edu</a>, and not the gmx-users list.<div class="im"><br>



<br>Hope you find this resource useful.<br><font color="#888888"><br>Paul Whitford<br>
</font></div>