Hi,<br><br>The last mail supposedly bounced from the server due to attachments. So please excuse in case you find this as a repetition.<br><br>I am trying to simulate a system where I want to exclude all
nb interactions between frozen groups. So I followed the manual and
defined them in energygrp_excl. But upon doing that it throws the
following warning. <br>
<br>WARNING 1 [file topol.top, line 1583]:<br>  Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups<br><br>What is the reason of the warning and should I be worried about it or safely ignore it.<br><br>Next,
I am facing a strange problem with mdrun_mpi. If I run it on 4 nodes
then it throws up the following error. Which I traced to md.log where I
saw:<br>
<br>There are: 15923 Atoms<br>Charge group distribution at step 0: 0 3264 3185 0 (why these zeroes?)<br>Grid: 3 x 4 x 5 cells<br><br>However with 2 nodes it has and runs fine:<br><br>There are: 15923 Atoms<br>Charge group distribution at step 0: 3226 3223<br>

Grid: 4 x 5 x 25 cells<br><br>The error-<br>
<br>Making 1D domain decomposition 1 x 1 x 4<br>starting mdrun &#39;TransverseElectrode&#39;<br>100000 steps,    200.0 ps.<br>step 0<br><br>NOTE: Turning on dynamic load balancing<br><br>[md-comp1:32374] *** Process received signal ***<br>


[md-comp1:32377] *** Process received signal ***<br>[md-comp1:32377] Signal: Segmentation fault (11)<br>[md-comp1:32377] Signal code: Address not mapped (1)<br>[md-comp1:32377] Failing at address: (nil)<br>[md-comp1:32374] Signal: Segmentation fault (11)<br>


[md-comp1:32374] Signal code: Address not mapped (1)<br>[md-comp1:32374] Failing at address: (nil)<br>[md-comp1:32377] [ 0] [0xb7fd8440]<br>[md-comp1:32374] [ 0] [0xb7ef0440]<br>[md-comp1:32374] *** End of error message ***<br>


[md-comp1:32377] *** End of error message ***<br><br>I would be extremely thankful, if somebody points me to the source of the error and the workaround.<br><br>Thanks,<br><br clear="all">Manik Mayur<br>Graduate student<br>

Microfluidics Lab<br>Dept. of Mechanical Engg.<br>IIT Kharagpur<br>INDIA<br>
<br>