<div class="gmail_quote">On Fri, Jun 12, 2009 at 8:46 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

<div class="im">Manik Mayur wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
The last mail supposedly bounced from the server due to attachments. So please excuse in case you find this as a repetition.<br>
<br>
I am trying to simulate a system where I want to exclude all nb interactions between frozen groups. So I followed the manual and defined them in energygrp_excl. But upon doing that it throws the following warning.<br>
<br>
WARNING 1 [file topol.top, line 1583]:<br>
  Can not exclude the lattice Coulomb energy between energy groups<br>
<br>
What is the reason of the warning and should I be worried about it or safely ignore it.<br>
</blockquote>
<br></div>
So, what algorithm are you using for your long-ranged electrostatic interactions? Do you know roughly how it works? Does it then make sense to try to exclude some of the long-range interactions?</blockquote><div class="im">

<br>I am using PME. I honestly do not have much idea about its implementation details but I will definitely look into it. Here I was trying to remove all interactions between the frozen group so that I can speedup my simulation a little bit. Also since the atoms in the frozen group are uncharged, my basic concern was to remove even the LJ interaction calculation.<br>

<br>Till now I have ignored the warning. So is it ok?<br> <br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Next, I am facing a strange problem with mdrun_mpi. If I run it on 4 nodes then it throws up the following error. Which I traced to md.log where I saw:<br>
<br>
There are: 15923 Atoms<br>
Charge group distribution at step 0: 0 3264 3185 0 (why these zeroes?)<br>
</blockquote>
<br></div>
You have atoms that are not part of a charge group (or, probably, are part of one of size one and charge zero.<div class="im"><br>
</div></blockquote><div class="im">In my topology file, All the atoms that I have defined within a molecule do belong to a charge group. Could you please elaborate on the second part of your statement?<br><br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im"><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


Grid: 3 x 4 x 5 cells<br>
<br>
However with 2 nodes it has and runs fine:<br>
<br>
There are: 15923 Atoms<br>
Charge group distribution at step 0: 3226 3223<br>
Grid: 4 x 5 x 25 cells<br>
<br>
The error-<br>
</blockquote>
<br></div>
No, that&#39;s the dump from MPI after the error. You need to consult both the stdout and the .log file.<br>
<br>
Mark<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div><div></div><div class="h5">
Making 1D domain decomposition 1 x 1 x 4<br>
starting mdrun &#39;TransverseElectrode&#39;<br>
100000 steps,    200.0 ps.<br>
step 0<br>
<br>
NOTE: Turning on dynamic load balancing<br>
<br>
[md-comp1:32374] *** Process received signal ***<br>
[md-comp1:32377] *** Process received signal ***<br>
[md-comp1:32377] Signal: Segmentation fault (11)<br>
[md-comp1:32377] Signal code: Address not mapped (1)<br>
[md-comp1:32377] Failing at address: (nil)<br>
[md-comp1:32374] Signal: Segmentation fault (11)<br>
[md-comp1:32374] Signal code: Address not mapped (1)<br>
[md-comp1:32374] Failing at address: (nil)<br>
[md-comp1:32377] [ 0] [0xb7fd8440]<br>
[md-comp1:32374] [ 0] [0xb7ef0440]<br>
[md-comp1:32374] *** End of error message ***<br>
[md-comp1:32377] *** End of error message ***<br>
<br>
I would be extremely thankful, if somebody points me to the source of the error and the workaround.<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
Manik Mayur<br>
Graduate student<br>
Microfluidics Lab<br>
Dept. of Mechanical Engg.<br>
IIT Kharagpur<br>
INDIA<br>
<br>
<br></div></div>
------------------------------------------------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote></div><br clear="all">Manik Mayur<br>Graduate student<br>Microfluidics Lab<br>Dept. of Mechanical Engg.<br>IIT Kharagpur<br>INDIA<br>