<br><div class="gmail_quote">On Sat, Jun 13, 2009 at 5:14 PM, Florian Dommert <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">

* Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt; [2009-06-13 07:31:17 -0400]:<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Ms. Aswathy S wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi,<br>
<br>
after equlibration of my protein and ligand I tried to create the energy file ans well as the to display the trajectories using ngmx option,. But it shows the follo: error,<br>
<br>
Xlib: connection to &quot;:0.0&quot; refused by server<br>
Xlib: No protocol specified<br>
<br>
Can&#39;t connect to X Server.<br>
Check your DISPLAY environment variable<br>
<br>
</blockquote>
<br>
Seems like your X environment is somehow not properly configured.<br>
</blockquote>
</div></blockquote><div class="im"><br>If you are working through ssh, then you can :<br><br>$export DISPLAY=&lt;your current computer&#39;s ip&gt;:0.0<br><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">


Or you are tunneling through a SSH connection. There are several<br>
possiblities:<br>
<br>
 1. Try ssh -X to login, this could solve the problem, if you are in<br>
 principle allowed to use X11 tunneling.<br>
 2. In case this does not work either it can be that you are not allowed<br>
 to tunnel X11.<br>
<br>
However take care that you also need a properly configured XServer<br>
running on your own system not just on the host you login. So in case<br>
you use Windows or MacOS make sure this is the case.<br>
<br>
Flo<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
************************************************<br>
<br>
also the g_energy command shows that ,<br>
<br>
Program g_energy_mpi, VERSION 3.3.3<br>
Source code file: enxio.c, line: 239<br>
<br>
Fatal error:<br>
Energy file eq_2ps_ener.edr not recognized, maybe different CPU?<br>
<br>
</blockquote>
<br>
What does gmxcheck tell you about the file.  Perhaps it has been corrupted in some way.<br>
<br>
Also, you may want to work with a more current version (4.0.5) to utilize the newest features and bug fixes.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<br>
Can any one help me, please???<br>
<br>
Thanks,<br>
Aswathy<br>
ASBT<br>
Dept. Biotechnology<br>
Ext. 3108<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</blockquote>
<br></div></div>
-- <br>
Florian Dommert<br>
Dipl.-Phys.<br>
<br>
Institute for Computational Physics<br>
University Stuttgart<br>
<br>
Pfaffenwaldring 27<br>
70569 Stuttgart<br>
<br>
Tel: +49 - 711 / 6856-3613<br>
Fax: +49 - 711 / 6856-3658<br>
<br>
EMail: <a href="mailto:dommert@icp.uni-stuttgart.de" target="_blank">dommert@icp.uni-stuttgart.de</a><br>
Home: <a href="http://www.icp.uni-stuttgart.de/%7Eicp/Florian_Dommert" target="_blank">http://www.icp.uni-stuttgart.de/~icp/Florian_Dommert</a><br>
<br>
!! PGP-ENCODED emails preferred !!<br>
<br>_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div><br clear="all">Manik Mayur<br>Graduate student<br>Microfluidics Lab<br>

Dept. of Mechanical Engg.<br>IIT Kharagpur<br>INDIA<br>