<br><br>
<div><span class="gmail_quote">On 15/06/2009, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div style="FONT-SIZE: 16px; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;"><span class="q"><br><span>On 06/15/09, <b>Bhanu </b>&lt;<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:bhanuiitr@gmail.com" target="_blank">bhanuiitr@gmail.com</a>&gt; wrote:</span> 
<blockquote style="PADDING-LEFT: 13px; MARGIN-LEFT: 0pt; BORDER-LEFT: rgb(0,0,255) 1px solid" type="cite">
<div>
<div style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="2"><font face="Courier New">Hi Group,<br>I&#39;ve tried simulating a five bp dna. It has showed many atoms missing and some extra atoms present in the pdb file. For pdb2gmx, I used -ignh and -mising options. Later editconf_d, genbox_d, and genion_d steps went well. Even grompp_d worked well. But when I issued the run command for mdrun_d, the strange result is coming, repeatedly. I have installed lam-mpi and running gromacs in double precision. The commands I have used are..<br>
<br>pdb2gmx_d -f fivedna.pdb -o dna.gro -p dna.top <br>editconf_d -f dna.gro -bt dodecahedron -c -d 1.0 -o boxdna.gro<br>genbox_d -cp boxdna.gro -cs spc216.gro -p dna.top -o solvateddna.gro<br><br>neutralized the system with genion_d and grompp_d, mdrun_d with -v and -deffnm commands. Surprisigly, everytime, it is using only two cores of my core2quad processor, delaying the output for all experiments.</font></font></div>
</div></blockquote></span>So look up how to configure LAM-MPI to use more.</div></blockquote>
<div> </div>
<div>I am working on that.. but the real confusing thing, is why are DNA simulations failing?? I have no clue.. and requesting for a suggestion!</div><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div style="FONT-SIZE: 16px; FONT-FAMILY: &#39;Times New Roman&#39;"><span class="q">
<blockquote style="PADDING-LEFT: 13px; MARGIN-LEFT: 0pt; BORDER-LEFT: rgb(0,0,255) 1px solid" type="cite">
<div>
<div style="MARGIN: 0in 0in 0pt"><font size="2"><font face="Courier New">For this experiment, here is the error report which I donot understand at all!<br><br>The error report is really frightening to me!!! Here it is!</font></font></div>
</div></blockquote><br></span>See <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Range_Checking_error" target="_blank">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Range_Checking_error</a><br>
<span class="sg"><br>Mark</span></div><br>_______________________________________________<br>gmx-users mailing list    <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a onclick="return top.js.OpenExtLink(window,event,this)" href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br></blockquote></div>
<br><br clear="all"><br>-- <br>Never lose hope on the person you love.... they maybe the reason your heart aches today... but they are definitely the reason your heart beats.... : COPIED FROM GMAIL CUSTOM MSGS.