<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;"><br /><span>On 06/15/09, <b class="name">Bhanu </b> &lt;bhanuiitr@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:2011e0710906142323u7c9c313ayaa4429e249005b6c@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><div class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font size="2"><font face="Courier New">Hi Group,<br />I've tried simulating a five bp dna. It has showed many atoms missing and some extra atoms present in the pdb file. For pdb2gmx, I used -ignh and -mising options. Later editconf_d, genbox_d, and genion_d steps went well. Even grompp_d worked well. But when I issued the run command for mdrun_d, the strange result is coming, repeatedly. I have installed lam-mpi and running gromacs in double precision. The commands I have used are..<br />
<br />pdb2gmx_d -f fivedna.pdb -o dna.gro -p dna.top <br />editconf_d -f dna.gro -bt dodecahedron -c -d 1.0 -o boxdna.gro<br />genbox_d -cp boxdna.gro -cs spc216.gro -p dna.top -o solvateddna.gro<br /><br />neutralized the system with genion_d and grompp_d, mdrun_d with -v and -deffnm commands. Surprisigly, everytime, it is using only two cores of my core2quad processor, delaying the output for all experiments.</font></font></div></div></blockquote>So look up how to configure LAM-MPI to use more.<br /><blockquote cite="mid:2011e0710906142323u7c9c313ayaa4429e249005b6c@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><div class="MsoPlainText" style="margin: 0in 0in 0pt;"><font size="2"><font face="Courier New"> For this experiment, here is the error report which I donot understand at all!<br />
<br />The error report is really frightening to me!!! Here it is!</font></font></div></div></blockquote><br _moz_dirty="" />See http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Range_Checking_error<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Mark</div>