<div style="font-family: 'Times New Roman'; font-size: 16px;"><br /><br /><span>On 06/15/09, <b class="name">Bhanu </b> &lt;bhanuiitr@gmail.com&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:2011e0710906150206w3a7ea48fo69cc16eef8b64687@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><br /><br />
<div><span class="gmail_quote">On 15/06/2009, <b class="gmail_sendername">Mark Abraham</b> &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" title="Compose mail to mark.abraham@anu.edu.au">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:</span>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div style="font-size: 16px; font-family: 'Times New Roman';"><span class="q"><br /><span>On 06/15/09, <b>Bhanu </b>&lt;<a href="mailto:bhanuiitr@gmail.com" target="1" title="Compose mail to bhanuiitr@gmail.com">bhanuiitr@gmail.com</a>&gt; wrote:</span> 
<blockquote style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite">
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0pt;"><font size="2"><font face="Courier New">Hi Group,<br />I've tried simulating a five bp dna. It has showed many atoms missing and some extra atoms present in the pdb file. For pdb2gmx, I used -ignh and -mising options. Later editconf_d, genbox_d, and genion_d steps went well. Even grompp_d worked well. But when I issued the run command for mdrun_d, the strange result is coming, repeatedly. I have installed lam-mpi and running gromacs in double precision. The commands I have used are..<br />
<br />pdb2gmx_d -f fivedna.pdb -o dna.gro -p dna.top <br />editconf_d -f dna.gro -bt dodecahedron -c -d 1.0 -o boxdna.gro<br />genbox_d -cp boxdna.gro -cs spc216.gro -p dna.top -o solvateddna.gro<br /><br />neutralized the system with genion_d and grompp_d, mdrun_d with -v and -deffnm commands. Surprisigly, everytime, it is using only two cores of my core2quad processor, delaying the output for all experiments.</font></font></div>
</div></blockquote></span>So look up how to configure LAM-MPI to use more.</div></blockquote>
<div ><br/></div>
<div>I am working on that.. but the real confusing thing, is why are DNA simulations failing?? I have no clue.. and requesting for a suggestion!</div></div></div></blockquote>I gave you a link to content that was likely to explain why your problem was occurring. If you appear to ignore it, then you won't be likely to get more :-)<br _moz_dirty="" /><br _moz_dirty="" />Mark<br /><blockquote cite="mid:2011e0710906150206w3a7ea48fo69cc16eef8b64687@mail.gmail.com" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text html"><div><div ><br/></div>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0px 0px 0px 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div style="font-size: 16px; font-family: 'Times New Roman';"><span class="q">
<blockquote style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite">
<div>
<div style="margin: 0in 0in 0pt;"><font size="2"><font face="Courier New">For this experiment, here is the error report which I donot understand at all!<br _moz_dirty="" /><br />The error report is really frightening to me!!! Here it is!</font></font></div>
</div></blockquote><br /></span>See <a href="http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Range_Checking_error" target="_blank">http://oldwiki.gromacs.org/index.php/Errors#Range_Checking_error</a><br />
<span class="sg"><br />Mark</span></div><br />_______________________________________________<br />gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" title="Compose mail to gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br />
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br />
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br />www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" title="Compose mail to gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br />
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br /></blockquote></div>
<br /><br clear="all" /><br />-- <br />Never lose hope on the person you love.... they maybe the reason your heart aches today... but they are definitely the reason your heart beats.... : COPIED FROM GMAIL CUSTOM MSGS. 
</div></blockquote></div>