<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi ALL,<br><br>Thanks a lot for your replies regarding extending water box. I could finally solve the problem by first removing the periodicity from the original POPC pdb files and then properly using editconf with -box option.<br>In Justin's tutorial on setting up a membrane simulation, the temperature used is 323K (reason is that temperature should be above phase transition temp ) which has been used in many papers as well. My question: is 323K ok for the embedded protein also?Does'nt it affect its stability? And, is 323K applicable for POPC as well?<br>Any suggestion is welcome. Thanks a lot in advance.<br><br>Regards,<br><br><br><div><font color="#0000bf" size="4"></font>&nbsp;</div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Anirban Ghosh</strong></div><div style="color: rgb(0, 0, 191);"><strong>Grade Based Engineer<br>Bioinformatics Team<br>Centre for
 Development of Advanced Computing (C-DAC)<br>Pune, India<br></strong></div></td></tr></table><br>


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