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<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>Nothing needs to be double precision.<br><br>Why do you want mdrun in double precision?<br>The only common reason for this is normal mode analysis,<br>in which case you need all the tools involved in double precision.<br>For normal MD simulation there is nearly never a need for<br>double precision.<br>Actually mdrun is the only program where performance really matters,<br>so compiling all other programs in double precision is a not an issue.<br><br>All Gromacs programs independently of the compilation can read<br>both single and double precision files.<br><br>Berk<br><br>&gt; Date: Wed, 17 Jun 2009 07:04:44 -0400<br>&gt; From: jalemkul@vt.edu<br>&gt; To: gmx-users@gromacs.org<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] programmes to have in double precision besides mdrun_d<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Alan wrote:<br>&gt; &gt; Hi there,<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I usually create only mdrun_d (double precision), although I am not a<br>&gt; &gt; hard user, however, doing some usage lately, I caught asking me if<br>&gt; &gt; 'grompp' should be double too, and then what else.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; So, is there any reason for others programme to go double besides<br>&gt; &gt; mdrun? If so, which programmes one would suggest, why?<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; I would think everything would have to be in double precision - grompp to <br>&gt; generate the proper input; editconf, genbox, etc. to write the correct <br>&gt; precision; all of the analysis tools to read the double-precision files produced <br>&gt; by mdrun_d...but I've never had much experience with double precision, so I <br>&gt; can't be 100% on that.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; Many thanks in advance.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Alan<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; _______________________________________________<br>&gt; gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php<br><br /><hr />What can you do with the new Windows Live? <a href='http://www.microsoft.com/windows/windowslive/default.aspx' target='_new'>Find out</a></body>
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