Hi!<br>Thanks for your reply. So I suppose I need to have a hostfile in my directory and call it during the mpirun command.  I have one clarification, since I am using a quad core how am I to list the processors on the host file? would it need to open a file name \d hostfile and have a list for example like some thing below? <br>
processor1<br>processor 2<br>processor 3<br>processor 4<br><br>or is getting to the hostfile an automated process (i.e.,) results from executing a program?<br>I just put a search for host file and saw a folder by that name in the directory below<br>
~/software/open-mpi-1.2.8/orte/mca/rds/hostfile<br>Thanks<br>JJ<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 17, 2009 at 9:42 PM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><div class="im">jayant james wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Hi!<br>
Oh!! I see that nnodes: 1. So does that mean that the job I gave is not running on four processors? If so how am I to solve this problem?<br>
</blockquote>
<br></div>
You haven&#39;t configured your MPI system with a suitable hostfile/whatever for your machine, probably.<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
Mark<br>
_______________________________________________<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/search" target="_blank">http://www.gromacs.org/search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php" target="_blank">http://www.gromacs.org/mailing_lists/users.php</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Jayasundar Jayant James<br><br><a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp">www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>) <br><br>